Во второй половине XVI в. настоятелем монастыря неоднократно становился представитель белого духовенства или даже светское лицо, нанимавшее викария. Киевский митрополит Иона III (Протасович)-Островский в 1568 г. просил короля не давать духовных должностей людям светским, если же мирянин всё-таки получит такую должность и в течение трёх месяцев не примет духовного сана, чтобы митрополит мог отобрать у него «хлеб духовный». Так зарождался конфликт между обмирщённой иерархией и паствой, который получил развитие в последующие десятилетия. Другое негативное явление было связано с ростом доходности земли и сельскохозяйственных продуктов при расширении связей с европейским рынком. В этих условиях у разных патронов появлялось желание присвоить себе доходы от находившейся под их опекой церковной собственности. Жалуясь на архиепископа Симеона, полоцкая шляхта указывала, что тот присваивает себе доходы монастырей, находящихся под его опекой. Ряд таких случаев, касающихся разных духовных и светских лиц, зафиксирован в ревизии землевладения на Волыни в 1545 г. Посягательствам на церковное имущество способствовало воздействие на шляхту, в том числе и православную, начиная с 1540 гг. Реформации, разных течений протестантизма. Особенно широкое распространение получил в Литовском великом княжестве кальвинизм, который приняли ближайшие советники Сигизмунда II князья Николай Радзивилл Чёрный и Николай Радзивилл Рыжий. За этим последовало устройство кальвинистских храмов не только на этнически литовской территории, но и на белорусских землях, в ряде центров были открыты протестантские гимназии и школы. В 1562 г. был напечатан кальвинистский катехизис «для простых людей языка русского». Среди православной шляхты обнаружились и приверженцы такого крайнего течения Реформации, как антитринитаризм (арианство; см. Социниане) в Новогрудском и Брест-Литовском воеводствах, на Волыни. Православная иерархия не принимала каких-либо мер для борьбы с экспансией протестантизма. Однако уже к концу данного периода стали складываться сообщества людей, готовых вести такую борьбу и осуществлять важные культурные инициативы для оживления религиозной жизни. В 1560 гг. начались полемические выступления против протестантов при участии таких выходцев из Московской Руси, как старец Артемий и князь Андрей Михайлович Курбский. Послания Артемия стали в дальнейшем одним из источников первого крупного западнорусского полемического памятника – «Списания против люторов». В 1569 г. в Заблудове на средства литовского гетмана Григория Александровича Ходкевича Иван Фёдоров и Пётр Мстиславец, приехавшие из России, напечатали «Учительное Евангелие» «к научению людем христианским... понеже мнози крестяньстии людие новыми и различными оучении в вере поколебашася». 1560 гг. исследователи датируют и составление нового «Учительного Евангелия», сохранившегося в десятках списков. В 1556–1561 гг. архимандрит Григорий и писарь Михаил в Заславле при поддержке княгини Анастасии Гольшанской осуществили перевод Евангелия «на мову русскую» с церковнославянского языка «для читания церквей Божиих, для науки люду христианского». Эти пока скромные инициативы получили значимое продолжение в последней трети XVI в.