К началу 1560 гг. такая цель формально была достигнута, но политика Сигизмунда II привела к конфликту со Швецией и к тяжёлой войне с Россией, уже в начале которой в 1563 г. был потерян такой крупный центр, как Полоцк. Война обнажила недостатки военно-финансовой организации Литовского великого княжества. Налоги, установленные сеймом, собирались слабо, и этих средств не хватало на содержание наёмного войска; главная военная сила (дворянское ополчение) плохо собиралось на войну и не отличалось высокой боеготовностью. Ещё до начала войны Сигизмунд II был вынужден прибегнуть к новому закладу господарских имений. Становилось всё более очевидным, что Литовское великое княжество не может успешно продолжать войну без помощи Польши. Это положение побудило к активности страдавшую от войны шляхту, которая из военного лагеря под Витебском в сентябре 1562 г. выступила с требованием созыва общего с поляками сейма, чтобы затем вместе созывать сеймы и пользоваться одинаковыми правами. При сложившихся соотношении сил и международной ситуации ни правитель, ни литовская знать не смогли противостоять ни требованиям шляхты, ни требованиям поляков о заключении новой унии. Такая уния была подписана на сейме в Люблине в 1569 г. (см. Люблинская уния). Содержание соглашений заключалось в том, что каждое из государств сохраняло свои особые должности, свои Вооружённые Силы и традиционное законодательство, но теперь общее государство должен был объединять не только монарх, совместно избранный, но и общий парламент, который бы принимал важные политические решения и законы, действующие на всей территории нового государства – Речи Посполитой. На этом история Литовского великого княжества как самостоятельного государства закончилась. При заключении унии под давлением польских политиков Литовское великое княжество, нуждавшееся в помощи, было вынуждено согласиться на то, чтобы Подляшье, Волынь и Киевская земля вошли в состав Польского королевства. Им предстояло стать объектом колонизации со стороны польской знати. Одновременно происшедшие перемены закрепляли положение Литовского великого княжества как младшего партнёра в составе Речи Посполитой. По отношению к православному обществу и в особенности к православному духовенству 1540–1560 гг. – это время, когда получают более сильное развитие ряд негативных явлений. И раньше случалось, что епископские кафедры и настоятельства в монастырях предоставлялись за услуги, оказанные власти нужными людьми. В эти десятилетия такая практика получила более широкое распространение. Так, виленский скарбник Стефан Белькевич, оставаясь мирянином, был настоятелем виленского Троицкого монастыря, а в середине 1550 гг. он занял и Киевскую митрополичью кафедру. Такие епископы, как Марк Жаровницкий, а затем Иван Борзобогатый-Красенский (см. Иона), по несколько лет управляли епархией, не принимая монашеского пострига. Поведение и действия таких иерархов стали сталкиваться с противодействием православной шляхты. Уже в 1544 г. православная шляхта Полоцкой земли жаловалась на архиепископа Симеона, что он оставил в «небрежении» Софийский собор и присвоил себе «серебщину», собранную для ремонта здания. На сейме, собравшемся в 1566 г., послы виленской шляхты добивались, чтобы епископские кафедры на Волыни давались тем, за кого будет просить «всё поспольство земли Волынское», а теперь «люди простые и неучёные..., втекшися к его королевской милости таковые хлебы духовные одерживают и их убожат и нищать».