Ряд установлений регулировал отношения между иерархией, приходским духовенством и патронами. Патрон не мог самовольно отстранить от службы священника, но лишь после расследования его поступков иерархом. Епископ мог направить по своей инициативе священника в храм, где три месяца не было богослужения. Священник, который служил в храме по приказу патрона без епископского разрешения, лишался сана. Человеку, покусившемуся на церковное имущество, угрожало отлучение от церкви. Решения Виленского собора исследователи считают ярким свидетельством усилий, направленных на устранение непорядков в церковной жизни и на укрепление позиций духовного сословия в обществе. Однако установленные решениями Собора санкции имели силу только по отношению к православным патронам. В городских общинах митрополит Иосиф II (Солтан) также пытался установить контроль над назначениями и перемещениями священников и над процедурами передачи церковного имущества. Органом, помогавшим епископу в управлении епархией, был клирос, состоявший из священников храмов, которые находились в кафедральном городе епархии. На местах главную роль играли протопопы, стоявшие во главе административных округов и являвшиеся одновременно наместниками архиерея. Протопопы осуществляли сбор дани в пользу епископа, наблюдали за нравственностью духовенства, были судьями в «духовных делах». Один из протопопов возглавлял клирос. Государственная власть оказывала поддержку мерам, направленным на подчинение духовенства епископам, на сохранение за духовными властями их традиционной юрисдикции. В 1506 г. король Александр приказал передать в ведение Турово-Пинского епископа все церкви, построенные без благословения епископа, и установил крупный денежный штраф за совершение таких действий в будущем. В 1519 г. Сигизмунд I Старый направил господарского дворянина, чтобы тот содействовал передаче слугам митрополита виновных для представления их в духовный суд. Сигизмунд I также запретил Виленскому епископу и его «уряднику» вызывать к себе на суд православных священников. Ряд таких мер король Сигизмунд I принял и в последующие годы, запрещая посягать на церковную собственность и нарушать церковную юрисдикцию. Однако возможности господаря были ограничены, потому что он часто не находился на территории Литовского великого княжества, и у светских патронов продолжал сохраняться большой объём власти над монастырями и приходскими церквами в их владениях. Господарь сам объективно содействовал созданию подобных ситуаций, передавая храмы и монастыри «в опеку, и в оборону и в подаванье» влиятельным светским лицам. Распространение этой практики впоследствии имело для православных церковных учреждений негативные последствия. Среди патронов православных церковных учреждений были такие люди, как князь Константин Иванович Острожский, щедро наделявшие и храмы, и монастыри разнообразным имуществом. Однако исследователям известно, что после его смерти наследники (владельцы Турова) лишили Турово-Пинскую кафедру её доходов и вмешивались в церковный суд. Запрещённая Виленским собором практика экспектатив продолжалась. Чтобы её прекратить, нужна была солидарность всех иерархов, а её не было. Положение в отдельных обителях различалось и зависело от ряда обстоятельств.