Вместе с тем Крещение Господне покончило с иудейскими омовениями и положило начало христианскому крещению: на Иордане «…отменяется крещение иудейское, а наше получает начало. Что было с пасхою, то же происходит и с крещением. Как там Христос, совершив ту и другую пасху, одну отменил, а другой дал начало, так и здесь, исполнив крещение иудейское, отверз двери и крещению Церкви новозаветной». Описание Крещения Господня в Новом Завете служит для многих отцов наиболее очевидным доказательством учения о нераздельной и единой Святой Троице. В контексте полемики с гностиками, которые утверждали, что в момент крещения Всевышний Спаситель сошёл на человека Иисуса (например, Феодот Кожевник учил, что Христос был простой человек, который посредством крещения «обрёл Христа, сошедшего свыше и почившего на Нём в виде голубя»), Ириней Лионский настаивал, что Бог даровал Христу Тот же самый Дух, Который сошёл впоследствии и на Его учеников (Mф. 10:20; Деян. 2:1–13; Ин. 16:7) и Который соединился в момент крещения с Его телом. Иисус Христос остался Самим Собой до и после крещения: «Не Христос сходил тогда на Иисуса, и не один есть Христос, а другой – Иисус; но Слово Божие. Итак, Дух Божий сошёл на Него – [Дух] Того, Который чрез пророков обещал помазать Его, чтобы мы, получая от обилия Его помазания, спаслись». Иустин Философ делал акцент на том, что Иисус не нуждался в даре или силе Духа, которую Он имел уже с Рождения, но Святой Дух сошёл на Него, чтобы обозначить переход Его дара от иудеев к новому спасённому во Христе народу. В контексте полемики с арианами, которые использовали евангельский рассказ о Крещении Господнем как одно из библейских указаний на то, что Иисус Христос не был Богом, Афанасий Александрийский отмечал особенность этого события: Иисус был освящён Духом не в Своей божественной природе, но в человеческой: «...Когда приемлет Он Духа, – мы чрез Него делаемся духоприемными… Он святится по той опять причине, что соделался человеком и освящено тело Его... Не Слово, поскольку оно есть Слово и Премудрость, помазуется подаваемым от Него Духом, но воспринятая Им на Себя плоть в Нём и Им помазуется». Кирилл Александрийский рассматривает дарование Святого Духа в Крещении Господнем в контексте божественного домостроительства спасения. Когда человеческая природа с возрастанием греха оказалась лишённой вселенного в неё Святого Духа, то Бог для спасения рода человеческого послал Своего Сына, так что в Крещении Господнем «Слово Божие… приемлет Духа от Отца, как один из нас, не для Себя собственно получает, ибо Само Оно было Подателем Духа, – но чтобы, прияв как человек, сохранить это для нашей природы». Лактанций в полемике с иудеями и язычниками, полагавшими, что евангельские чудеса совершались с помощью волшебства, рассматривает сошествие Святого Духа на Иисуса как дар небесной силы, позволившей Спасителю совершать чудотворения. Схождение Духа Святого на Христа прообразует дарование Святого Духа посредством помазания миром в таинстве крещения. Иустин Философ одним из первых среди раннехристианских авторов приводит слова из Пс. 2:7: «…Пришёл с небес голос, провещанный и чрез Давида, который как бы от своего лица говорил то, что имело быть сказанным Ему от Отца: “Ты Сын Мой, Я днесь родил Тебя”». В такой же форме усыновительные слова встречаются ещё у ряда авторов III–IV вв. Интерпретация гласа с небес как откровения о богосыновстве Спасителя у церковных авторов также носит полемический характер.