В настоящее время существуют две основные точки зрения на возможность нотирования коптской церковной музыки. Группа консервативно настроенных египетских интеллектуалов (в том числе бывший директор Египетского центра культуры и искусств Ахмед аль-Маграби) отрицает возможность нотирования независимо от того, кто его осуществляют – египтяне или иностранцы. Нотирование, считают они, «заморозит» и «свяжет» устную традицию, мелодии станут «жёсткими», не будут развиваться и передавать чувства певцов, исчезнет обычай «чтения» гимнов, когда диаконы собираются вокруг учителя, который сидит посреди них и поёт гимн, фразу за фразой, а они поют вслед за ним, после чего он повторяет гимн целиком, а остальные присоединяются к его пению, воспринимая его интерпретацию. Другая группа исследователей придерживается мнения, что нотирование коптских песнопений необходимо, и этим должны заниматься диаконы, которые знают гимны наизусть, а также имеют специальное музыкальное образование. Сторонники этой точки зрения считают, что транскрипции следует делать на основе сделанных Рагебом Мофтахом аудиозаписей пения учителя Михаил Гиргис аль-Батануни, в том числе в сопровождении организованного им хора Института коптских исследований. Согласно этой точки зрения, в настоящее время в Коптской церкви существуют следующие основные проблемы в области церковной музыки: отсутствие или недостаток талантливых и квалифицированных певцов и учителей, таких как Гад Левис, Фараг Абдель Масих, а также Садик Атталлах, Тауфик Юсуф; отсутствие условий для отбора кандидатов в диаконы, имеющих музыкальные способности, вследствие чего появляется большое число «сезонных» диаконов, участвующих в богослужении только по праздникам и лишь поверхностно знакомых с певческой традицией; нехватка времени у молодёжи из-за условий современной жизни для освоения песнопений; появление в церковной практике мелодий неизвестного происхождения; «украшение» мелодии орнаментациями, не находящимися в русле традиции, а изобретёнными самими диаконами в попытке подражать известным певцам. По мнению этой группы исследователей, использование музыкальной нотации будет иметь следующие положительные результаты: сохранение корпуса песнопений в виде точной и научно достоверной записи напевов, передающей микроинтервалику, звукорядные смещения, изменения ритма и темпа, основные украшения, и архивация всех нотных записей вместе с оригинальными аудиозаписями, что будет способствовать распространению коптских гимнов; издание нотированных богослужебных книг («Евхологий», «Диаконские службы», «Священная псалмодия», «Последование Страстной седмицы» и др.) и участие прихожан в богослужебном пении; упрощение научного исследования всех музыкальных характеристик коптского пения; унификация и стандартизация напевов и исполнительских характеристик: пауз для взятия дыхания (цезур), темпа и его изменений, мелодических и ритмических связок (лигатур). По мнению исследователей, при разработке нотации необходимы особая тщательность и определённая адаптация, чтобы музыкальная запись была вспомогательным средством, а не изолированной системой, которая упраздняет и полностью вытесняет устную традицию. Знаки нотации должны передавать длительности и основные звуки и не включать в себя украшения, добавляемые певцами непосредственно во время пения.