Совет министров Литовской ССР постановил закрыть Вильнюсскую духовную семинарию. К этому моменту число студентов второго курса составляло 20 человек, было пять преподавателей, и было получено свыше 50 заявлений от желающих поступить на первый курс. По указанию митрополита Крутицкого и Коломенского Николая (Ярушевича) Корнилий направил учащихся второго курса продолжать образование в Минскую епархию. В период служения Корнилия на Виленской кафедре осуществлялся перевод на литовский язык православных литургических текстов. На средства, поступавшие из патриархии, производился ремонт церквей, в том числе пострадавшего во время войны от бомбёжек Свято-Духовского храма вильнюсского Свято-Духовского монастыря. 26 июля 1946 г. по ходатайству Корнилия в Свято-Духовский храм были возвращены из Москвы вывезенные туда летом 1915 г. мощи Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. В 1946–1948 гг. православные приходы Виленской епархии прошли государственную регистрацию, права юридических лиц получили 44 общины. При Корнилии богослужения в Свято-Духовском монастыре совершались регулярно и торжественно, привлекая множество православных и даже католиков (в это время в Литве были закрыты большая часть костёлов и все католические монастыри). В 1947 г. отмечался 350-летний юбилей Свято-Духовского монастыря и 600-летие со времени кончины Виленских мучеников. Несмотря на успехи послевоенного восстановления церковной жизни в Виленской епархии, Корнилий выражал недовольство руководством Литовской ССР из-за закрытия Вильнюсской духовной семинарии и отказа выделять строительные материалы для ремонта церковных зданий, что имело место, в частности, при восстановлении Свято-Духовского монастыря. Ввиду планировавшегося перемещения с Курской кафедры архиепископа Алексия (Сергеева) Корнилий 29 сентября 1947 г. адресовал патриарху Алексию I (Симанскому) прошение о переводе в Курскую епархию, в котором среди прочего сообщал о выстреле, произведённом неизвестными лицами в его окно, и затруднительности объезжать епархию вследствие активности литовских подпольных националистических вооружённых формирований (Государственный архив РФ). 18 ноября 1948 г. Корнилий был назначен архиепископом Горьковским и Арзамасским. При этом Синод поручил Корнилию «обеспечить существование и лечение болящего» предшественника Корнилия на Горьковской кафедре – епископа Зиновия (Красовского; ум. 4 июля 1954 г.) ежемесячным содержанием. 25 февраля 1955 г. Корнилий был возведён в сан митрополита. К началу 1950 гг. в Горьковской епархии было зарегистрировано 47 храмов (из них три в Горьком), в штате состояли 70 священников, 19 диаконов, 34 псаломщика. Такое количество храмов и священнослужителей было недостаточным для удовлетворения нужд верующих. Храмы и молитвенные дома не вмещали всех желающих присутствовать на богослужениях, прихожане были вынуждены молиться в церковной ограде под открытым небом. Власти отмечали рост религиозности населения и посещаемости церквей. В 1953 г. для проверки работы уполномоченного и ознакомления с положением церковных дел в Горький приехал заместитель заведующего инспекторским отделом Совета по делам РПЦ Иван Георгиевич Сивко.