В ответном письме архиепископ Григорий (Яцковский) приветствовал «искание мира» со стороны Корнилия, однако явиться для переговоров отказался, заявив: «Ваш Синод и всё обновленчество заблуждаются…, и не нам к Вам, а Вам к нам придётся идти». 29 сентября 1926 г. под председательством Корнилия в Свердловске открылся второй обновленческий Уральский церковный собор. Во время его проведения было получено известие о назначении 22 сентября Корнилия, согласно избранию обновленческого Воронежского областного съезда, «митрополитом Воронежским и всей Центральной Черноземной области». 5 октября Корнилий отбыл в Воронеж. Состоял членом президиума обновленческого синода. В феврале 1927 г. принял участие в обновленческом первом Всесоюзном миссионерском съезде по борьбе с сектантством (Москва), на котором был избран членом центрального миссионерского совета при обновленческом синоде, 1 апреля 1931 г. был награждён обновленцами правом предношения креста за богослужением. В июне 1935 г., после отказа принять в качестве викария «епископа» Александра Медведева, а также назначить воронежским священником протоиерея Василия Бренько, поскольку, по мнению Корнилия, «по особым обстоятельствам ни тот, ни другой не могли быть приняты в Воронеже» (Государственный архив РФ), обновленческий «первоиерарх Православной Церкви в СССР» «митрополит» Виталий (Введенский; впоследствии архиепископ) издал указ об увольнении Корнилия от должности митрополита Воронежского. 12 июля того же года Корнилий был арестован, а вместо него на Воронежскую обновленческую кафедру назначен Александр Медведев. 5 ноября 1935 г. постановлением Специальной коллегии Воронежского областного суда Корнилий был приговорён к пяти годам лишения свободы по обвинению в антисоветской агитации. Отбывал заключение в Карагандинском исправительно-трудовом лагере (Карлаге), работал учётчиком овец, заразился бруцеллёзом. В 1940 г. освобождён, прибыл в Кострому, где в течение двух лет проходил лечение. Весной 1942 г. указом обновленческого «первоиерарха Православной Церкви в СССР» «митрополита» Александра Ивановича Введенского Корнилий был назначен «митрополитом Воронежским и Задонским». В Воронежском облисполкоме ему отказали в регистрации, заявив, что не знают «первоиерарха» Введенского и не могут регистрировать присылаемых им лиц. Из-за немецкого наступления летом того же года и боёв за Воронеж Корнилий покинул кафедру и к концу 1942 г. поселился в селе Колегаеве Некоузского района Ярославской области, где служил в местном храме как приходский священник. Вскоре указом А.И. Введенского он был назначен «митрополитом Ярославским и Костромским». В начале 1943 г. Корнилий был в числе обновленческих деятелей, принявших решение «искать путей сближения и, если возможно, то и воссоединения» с РПЦ, однако, когда его вскоре вызвали в Ульяновск к эвакуированному туда А.И. Введенскому, остался в обновленчестве.