Тем не менее, осенью 1943 г. в связи с избранием митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси Корнилий писал обновленческому «епископу Ташкентскому» Сергию (Ларину; впоследствии архиепископ): «Лично я настроен относительно состояния Первоиерарха и обновления пессимистически, с назначением Патриарха дела Первоиерарха в обновлении куда как не блестящи». 4 декабря 1943 г. в зале заседаний Священного Синода РПЦ в присутствии патриарха Сергия (Страгородского) с сонмом иерархов Корнилий принёс покаяние и был воссоединён с православной церковью в сане епископа. 8 декабря того же года был определён на Сумскую и Ахтырскую кафедру. 28 сентября 1944 г. Корнилий направил патриаршему местоблюстителю митрополиту Алексию (Симанскому; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси Алексий I) доклад о закрытии тридцати храмов в епархии, приводя факты грубого отношения «местных сельских соввластей» к верующим при проведении закрытия церквей. В феврале 1945 г. возведён в сан архиепископа, в апреле того же года назначен на Виленскую и Литовскую кафедру и священноархимандритом вильнюсского в честь Сошествия Святого Духа на апостолов мужского монастыря. С июля 1945 г. до августа 1947 г. временно управлял Рижской епархией. Вскоре после назначения на Виленскую кафедру Корнилий обратился к патриарху Алексию I (Симанскому) с предложением открыть в Вильнюсе пастырско-богословские курсы и направил ему проект учебной программы. 26 июля 1945 г. патриарх запросил мнение председателя Совета по делам РПЦ Георгия Григорьевича Карпова об учреждении курсов и об их программе, отметив, что считает их открытие весьма желательным, а программу удовлетворительной. Г.Г. Карпов наложил на обращение патриарха резолюцию, в которой предлагал, предварительно договорившись с Предстоятелем РПЦ, поставить перед Совнаркомом СССР вопрос об открытии не курсов, а духовной семинарии. 25 августа Г.Г. Карпов направил соответствующую докладную записку в Совнарком СССР, а 28 августа последовала резолюция Вячеслава Михайловича Молотова: «Вы поторопились. Надо обдумать это дело, – как это отзовётся на католической церкви и т.п.». Тем не менее, в августе Совнарком утвердил предложение Совета по делам РПЦ об открытии пастырско-богословских курсов. 24 октября 1945 г. на заседании Синода был заслушан доклад Корнилия по этому вопросу. Синод постановил направить на финансирование курсов суммы, поступавшие в патриархию от Рижской епархии. Ходатайство Корнилия об открытии в Вильнюсе духовной семинарии было удовлетворено уполномоченным Совета по делам РПЦ по Литовской ССР. Открытие Вильнюсской духовной семинарии состоялось в октябре 1946 г., первый учебный год закончился 10 июня 1947 г., а уже в августе уполномоченный, выполняя указание Совета по делам РПЦ, объявил Корнилию, что деятельность духовной семинарии должна быть приостановлена до окончательного решения вопроса властями Литовской ССР.