Однажды, несмотря на насмешки братии, он стал утверждать, что монастырская колокольня «обольётся кровью». Действительно, 10 ноября 1907 г., перед всенощной, банда грабителей, состоявшая из сосланных в Псков членов латышской националистической партии, ворвалась в обитель. Во время нападения были убиты иеромонах Иаков, монах Павел, послушники Феодор, Георгий и Прокопий, поднявшиеся на колокольню, чтобы спастись. Семью выстрелами был убит и звонарь Алексий, который бил в набатный колокол. В 1903 г. Корнилий предсказал иеромонаху Феодосию его служение последним казначеем Крыпецкого монастыря, закрытие и разорение обители, а мужу крестьянки А. Фёдоровой – уничтожение Крыпецкого кладбища, часовни, О. Никулиной (из деревни Сабижи Псковского уезда) – изгнание из обители монахов и осквернение мощей преподобного Саввы Крыпецкого. Подвижник особо чтил пророка Илию, приходивших к нему побуждал молиться этому ветхозаветному праведнику, «а то плохо будет», призывал священноначалие к тому, чтобы «имя Илии пророка во всех церквах поминали на отпусте священники..., и тогда будет мир и благодать Божия разольётся по всей земли». По преданию, Корнилий пророчествовал и о трагических событиях в истории России XX в.: «Не будет у нас царя! Сменят его, как плохого хозяина», «такое тяжёлое время будет, какого ещё не было никогда на Руси», предвидел Русско-японскую войну. Среди предсказаний Корнилия исследователи выделяют слова о том, что погребут его не в день отпевания и «не по чину» – головой на север. С таким небрежным погребением Корнилий связывал и грядущие бедствия в России. Действительно, из-за временного отсутствия настоятеля игумена Алексия (Константинова) тело старца после отпевания не сразу было предано земле. Сначала гроб с телом оставили в каменном склепе под кладбищенской часовней. Затем, не дождавшись настоятеля, монастырские работники «из-за какого-то поругания» погребли останки Корнилия головой на север. «У преподобного Саввы молебны служились, а у старца Корнилия – панихиды», – свидетельствовал иеромонах Амфилохий (Егоров). Впоследствии почитатель подвижника В.С. Графов в прошении, поданном в Синод, приводил его слова: «Я скончаюсь, вся страна заплачет, ко дню моего погребения прибудет владыка, в тот год хлеб будет дёшев: мера ржи 65 будет. А потом будет в России бедствие. Я прошу, чтобы меня положили в гроб чисто на восток. Но я знаю, что не положат меня братия по моему желанию, и в обители будет убийство, война» (Российский государственный исторический архив). Вскоре после кончины Корнилия началась Русско-японская война (1904–1905 гг.), одновременно с его погребением в Псков прибыл епископ Арсений (Стадницкий; впоследствии митрополит Ташкентский и Туркестанский). Впоследствии в день смерти Корнилия неизвестный благодетель каждый год присылал в обитель пуд осетрины. В 1913 г., спустя десять лет после смерти преподобного, крестьянин В.С. Графов послал на имя обер-прокурора Синода Владимира Карловича Саблера подробное жизнеописание Корнилия с просьбой исполнить последнюю волю почившего: предать его тело правильному погребению, да «не обрушатся на Россию бедствия», предсказанные подвижником. Прошение В.С. Графова на имя обер-прокурора было переправлено епископу Псковскому Евсевию (Гроздову) и «за недоказанностью прописанного» оставлено без ответа. 3 апреля 1913 г. благочинный мужских монастырей осмотрел могилу Корнилия и решил по её «наружному расположению», что гроб с телом почившего поставлен по христианскому обычаю правильно, а именно лицом к востоку.