Царица Фатима также содержала Касимовский монастырь на свои средства, но после её смерти настоятельница была вынуждена просить помощи у царей Ивана и Петра Алексеевичей. По преданию, царевич Иаков Васильевич, заболевший горячкой в ранней юности, обратился с молитвой к Пресвятой Богородице. После служения молебна перед Казанским образом («Моление старицы Иустины») царевич исцелился и стал часто посещать Касимовский монастырь, в котором подолгу молился перед чудотворной иконой Божьей Матери. Он пожертвовал обители все имения, полученные в наследство от отца. Подвижническая христианская жизнь царевича и щедрая благотворительность, особенно помощь Касимовскому монастырю, вызвали недовольство со стороны его соотечественников – касимовских татар, которые считали царевича отступником и искали случая его убить. Согласно монастырскому преданию, однажды на окраине города озлобленные люди напали на беззащитного царевича и избили его до полусмерти. 7 января 1677 г. Иаков Васильевич скончался в Касимовском монастыре и был погребён, согласно завещанию, справа от Казанской церкви. Обстоятельства смерти и возраст царевича исследователям точно не известны – умер ли он вследствие избиения или по другим причинам (например, в Касимовском монастыре существовало предание о том, что царевича отравили родственники-мусульмане). По одной версии, ему было 17, по другой – 25 лет. До конца 1930 гг. в часовне на территории монастыря сохранялась каменная плита над могилой царевича с надписью: «Лета 7185 (1677) году генваря в 7 день на Собор Иоанна Предтечи преставися раб Божий царевич Иаков Васильевич Касимовский». На плите была древняя «суконная пелена красного цвета с нашитым посередине её крестом из серебренного галуна». Изображение царевича, хранившееся в Касимовском монастыре, было утрачено. Казанский храм с приделом во имя апостолов Петра и Павла был возведён на месте одноимённого деревянного в 1715 г., при игумене Сапфире. Из московского в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери монастыря был прислан иконостас с резными позолоченными царскими вратами. Справа в первом ряду иконостаса находился образ Господа Вседержителя, украшенный серебряным венцом, в позолоченном серебряном с финифтью окладе; слева – Казанская икона Божьей Матери. Над южными вратами (с изображением благоразумного разбойника) – Нерукотворный образ Спасителя, украшенный позолоченным венцом и серебряной ризой. Перед южными дверями находились Владимирская икона Божьей Матери с позолоченным серебряным венцом, а также Боголюбская, Толгская и Феодоровская иконы; образы Николая Чудотворца (с серебряным позолоченным венцом), архангела Михаила с чудесами (в серебряном окладе) и др. 14 декабря 1752 г. игуменья Евфросиния испросила благословение епархиального начальства на постройку при каменной Казанской церкви придела во имя великомученика Никиты. Сохранилось описание монастыря, составленное в 1764 г. подпоручиком Житковым: «В том монастыре одна каменная церковь, в ней три престола. Оная церковь крыта была тёсом, который в имевшиися в том городе Касимове в марте месяце сего 1764 году пожар обгорела, на церкви глава каменная с черепицею, крест железной». В 1764–1765 гг. была заменена кровля храма, и отремонтирована ограда, пострадавшая от пожара. В 1773 г. обветшавший иконостас был «прикрыт зелёною краскою по серебру», заменены царские врата. В 1810 г., при игуменье Евпраксии, иконостас был поновлён вторично.