По просьбе кардинала Ксаверий и Родригиш приняли участие в подготовке первого португальского аутодафе, которое состоялось в Лиссабоне 26 сентября 1540 г. Они ежедневно беседовали с заключёнными в следственной тюрьме и принимали исповедь двух человек, осуждённых на смерть. По просьбе короля иезуиты наставляли также двух африканских евреев, пожелавших стать христианами. Король высоко ценил деятельность иезуитов, сравнивал их с апостолами; в Лиссабоне распространялись слухи о чудесах, которые совершали Ксаверий и Родригиш. В свою очередь, Франциск Ксаверий положительно отозвался о королевском дворе и жителях Лиссабона: он сообщил Лойоле, что ему оказали хороший приём, многие португальцы желали исповедоваться у иезуитов и получать от них духовные наставления. Франциск Ксаверий советовал Лойоле прислать в Португалию иезуитов, которые могли бы основать коллегию при университете в Коимбре, и высказал мнение, что иезуитам следовало повсеместно создавать коллегии, уделяя особое внимание воспитанию молодёжи. В это время Ксаверий и Родригиш узнали, что папа Римский утвердил Общество Иисуса (булла «Regimini militantis ecclesiae» от 27 сентября 1540 г.). При дворе португальского короля распространилось мнение, что Ксаверий и Родригиш могли бы принести больше пользы в Португалии, способствуя укреплению христианской веры и нравственности, чем в Индии. Папа Павел III передал вопрос о будущем иезуитов на усмотрение королю Жуану III. С разрешения Лойолы Родригиш остался в Португалии, чтобы основать коллегию в Коимбре. При подготовке кораблей для плавания в Индию король распорядился оставить на флагмане «Сантиагу» места для «клириков Ордена святого Петра» – Франциска Ксаверия и его помощника мессира Паулу (пресвитер Паоло из диоцеза Камерино, который был помощником Родригиша, но решил отправиться в Индию с Франциском Ксаверием), дать им двух слуг, одежду, лекарства и провизию. Впоследствии казначей вспоминал, что ему пришлось долго уговаривать Франциска Ксаверия принять вещи, без которых тот не смог бы перенести плавание. Отправление флота было задержано из-за неудачных военных действий в Марокко, где мусульмане захватили крепость Санта-Круш-ду-Кабу-ди-Ге (12 марта 1541 г.) и впервые нанесли поражение португальцам. Король вручил Ксаверию папские бреве «Cum sicut charissimus» и «Hodie pro parte», в соответствии с которыми Франциск Ксаверий был назначен апостольским нунцием (nostris et apostolicis sedis nuntius) и получил широкие полномочия; к ним были приложены рекомендательные письма Павла III эфиопскому царю Лебна Денгелю и другим восточным правителям. 7 апреля 1541 г. флот из пяти нау под командованием Мартина Афонсу ди Созы (наместник Индии в 1542–1545 гг.) покинул Лиссабон. Вместе с Франциском Ксаверием в Индию отправились мессир Паулу и португальские клирики Франсишку Мансильяш и Дьогу Фернандиш.