Исследователи отодвигают происхождения этого термина к XI–XII вв., когда в католическом клире, благодаря реформам папы Римского Григория VII (целибат, духовная инвеститура и др.) совершалась его кастовая самозамкнутость, вызывавшая противодействие как со стороны некоторых клириков (например, миланских), так и ещё больше со стороны различных сектантов (катары со всеми их разновидностями). Но окончательную формулировку определённого понятия «клерикал» исследователи относят к эпохе Реформации и относят на счёт протестантов, в устах которых слова «клерикал» и «клерикализм» стали почти позорной кличкой всего католического духовенства. Римско-католическая церковь, увлекаясь идеей папского главенства, основную задачу своей деятельность полагала не во внутреннем воспитании и органическом слиянии всех своих членов, а в создании крепкого внешнего строя (оrdo), своего рода абсолютной теократической монархии. На состав этой папской монархии была перенесена точка зрения древнего языческого Рима: как в Риме существовала резкая грань между «патрициями» и «плебеями», так и в церкви всё больше и больше упрочивалось различие между клиром и мирянами, взаимные отношения которых строились по старой схеме взаимоотношения патрициев и плебеев. Рядовая масса простых мирян, урезанная в своих самых законных и священных правах (например, право читать Библию и причащаться от святой чаши), трактовалась в католичестве, как духовный рlebs, как тёмная пассивная среда, всё спасение которой зависело от благой воли властно царившего над ней клира. Наоборот, клир целым рядом систематических мероприятий был искусственно изолирован от мирян, наделён различными привилегиями и поставлен на недосягаемую для простых мирян высоту особой духовной аристократии, бесконтрольно распоряжающейся всей жизнью церкви и даже личным спасением каждого подданного папы. Такой ложный принцип церковной политики привёл католичество к самым печальным последствиям: всю массу верующих он или совершенно обезличивал и превращал в покорное стадо, или, наоборот, раздражал её своей стеснительно-унизительной опекой и заставлял переходить к крайностям Реформации. Клир жил сознанием какого-то исключительного господства, отсутствием ответственности и контроля, воспитывал в духе инквизиции и иезуитизма, освящал позволительность всяких средств, направленных к усилению каждой власти (аd majorem Dei gloriam). Вот это горделивое сознание у представителей католического клира своего исключительного превосходства, этот дух властолюбия и нетерпимости, обусловленный всем строем Римско-католической церкви, и дают определённое, специфическое содержание термину «клерикализм». Отсюда также открывается и родство этого термина с аналогичным ему понятием «ультрамонтанизм», т.к. и клерикализм, в сущности, представляет собой ни иное, как одно из резких проявлений последовательного ультрамонтанизма.