Большое впечатление на Кастанеду произвела книга английского писателя Олдоса Хаксли «Врата познания» – о влиянии галлюциногенов на сознание человека. Эту тему Кастанеда развил в своей курсовой работе второго курса. В ней же он особенно подчеркнул роль языковой традиции, которая, с одной стороны, облегчает коммуникацию между людьми и помогает сохранять накопленные знания, а, с другой, «сужает» сознание – слова принимаются за реальные объекты, а не за их символы, и постепенно вся широта мира сводится к набору общих суждений. В кругу Кастанеды обсуждались также идеи Годдарда Невилла о возможностях программирования сновидений и «контролируемого воображения». Поднимались темы о существовании светящейся сферы вокруг человека с «пробуждённым» воображением. Проговаривалась мысль о том, что в условиях современного мира пропаганду нового учения лучше вести не от лица адепта – носителя учения, а от лица посвящённого в его мистерии ученика. Многие из этих идей позже получили глубокое истолкование в сочинениях Кастанеды. Кроме того, молодые американские интеллектуалы были всерьёз увлечены изучением образа жизни и обрядов индейских шаманов, к которым в родной для Кастанеды Кахамарке среднее сословие относилось с пренебрежением. В 1959 г. он заканчивает колледж, получив диплом Ассоциации Искусств в области психологии; в 1960 г. поступает в Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе (УКЛА), и его специализация меняется – теперь это антропология. В 1962 г. Кастанеда становится бакалавром антропологии, в 1973 г. защитил докторскую диссертацию по этой же научной дисциплине. Профессор Клемент Мейган, курировавший Кастанеду по антропологии, поощрял сбор интервью у представителей изучаемых народностей. С этой целью Кастанеда едет сначала в Аризону, затем в Мексику. Установлению контактов с индейцами способствует знание испанского языка, латиноамериканская внешность и знакомство с образом жизни шаманов в Кахамарке. Тема его полевых интервью – использование растений, содержащих галлюциногены, в индейских ритуалах. Он отдаляется от друзей и жены, пропускает деловые встречи и всё больше времени проводит в Аризоне и Мексике. По реакции профессора Клемента Мейгана на собранный материал, представленный в курсовых работах, ему становится ясно, что он вышел на весьма интересное и малоизученное направление. Объём полевых записей становился всё обширней, большую часть времени в Лос-Анджелесе Кастанеда проводит за печатной машинкой. Денежные дела приходят в упадок, оплачивать обучение нечем, и он оставляет университет. После многочисленных сомнений и переделок к 1965 г. у Кастанеды была готова внушительная рукопись – книга под названием «Учение дона Хуана: путь знания индейцев Яки». Она была роздана для ознакомления профессуре УКЛА – для отзывов и рекомендаций к публикации. В университетской среде отношение к книге разделилось – появились как её сторонники (во главе с профессором Клементом Мейганом), так и те, кто опасался, что личный, «не академичный» подход может дискредитировать объективность научных традиций университета. Но представители обеих лагерей сходились в оценке сочинения как яркого и неординарного. На колебания профессуры влияла и общая ситуация, сложившаяся в среде молодёжи, – движение хиппи, волнения в университетах по поводу расширения сознания с помощью наркотических средств, в том числе скандал вокруг исследований Тимоти Лири в Гарвардском университете. Его лабораторные исследования о влиянии ЛСД на воображение имели огласку и привлекли внимание широких кругов.