Фонд рукописей и старопечатных книг содержит экспонаты, хронология которых охватывает X–XX вв. Фонд отличается не только количеством экспонатов (67 424 единиц хранения), но и их научно-исторической ценностью. Среди 730 единиц хранения коллекции рукописей особенно интересны исследователям рукописные книги церковного и светского характера, представляющие все три этапа развития грузинского письма: они выполнены письмом асомтаврули (V–X вв.), нусхури (IX–XIX вв.) и мхедрули (X–XIX вв.). В коллекции представлены произведения на грузинском, арабском, греческом, персидском, армянском языках. Географический ареал хранимых в Кутаисском музее рукописей довольно широк: это не только монастыри и церкви Грузии (Гелати, Моцамета, храм Баграта, Кацхи, Джручи, Табори, Сева, Челиши, Хончиори, Вани и др.), но и грузинские центры письменности за рубежом (монастыри в Палестине, на Чёрной Горе в Сирии и др.). Наиболее ранние рукописи, хранящиеся в Кутаисском музее: Четвероевангелие-Апостол (X в.; асомтаврули); пятитомный переводной агиографический метафрастический сборник византийского писателя XI в. Иоанна Ксифилина, греческий оригинал которого утрачен; переводы преподобного Евфимия Святогорца сочинений Иоанна Златоуста «Толкование на Евангелие от Матфея» (1047–1048 гг.; нусхури) и «Толкование на Евангелие от Иоанна» (1053 г.; нусхури); Четвероевангелие из церкви Табори в провинции Лечхуми (1060 г.), которое было переписано в монастыре Калипос на Чёрной Горе в Антиохии с переведённого Георгием Мтацмидели (Святогорцем) Четвероевангелия; переведённые преподобным Ефремом Мцире с греческого на грузинский язык гимнографические произведения (XIII в.; пергамен, нусхури), где содержится также самый ранний из известных текст «Покаянного канона» царя св. Давида IV Строителя; произведения преподобного Максима Исповедника, переведённые с греческого на грузинский язык преподобным Арсением Икалтойским и Иоанном Петрици (обе рукописи XII в., среди них – самая ранняя рукопись Кутаисского музея, исполненная на бумаге); Гелатский Служебник (XI–XII вв.), написанный золотыми чернилами на тонком пергамене и украшенный миниатюрами. В фондах Кутаисского музея хранится множество иллюминированных рукописей XI–XVIII вв., в том числе Четвероевангелие из церкви Табори (1060 г.), Четвероевангелия (XI–XII вв., 1502 г.), Псалтирь (XVIII в.) и др. «Акафист Пресвятой Богородице» (XVII в.) иллюминирован 72 миниатюрами с изображениями святых и сюжетов из Нового Завета.