На местах охраной памятников занимались назначенные исполкомом и утверждённые отделом поверенные. Т.М. Джапаридзе занял должность поверенного в Кутаиси, что позволило ему внести большой вклад в развитие музея и в дело охраны исторических памятников на территории Имерети. Так, в 1923 г., в разгар предпринятой советским правительством кампании по закрытию и уничтожению церквей и национализации церковного имущества, монастырь Гелати благодаря его усилиям был признан памятником истории и культуры, получил статус филиала Кутаисского музея и избежал разрушения, святыни монастыря были переданы в музей. С целью сохранения исторических памятников и культурных ценностей Грузии Иван Александрович Джавахишвили, Корнелий Самсонович Кекелидзе, Д.И. Шеварднадзе и Акакий Гаврилович Шанидзе создали Отдел охраны древностей, предметов искусства и памятников Грузии, его уполномоченный Г. Бочоридзе в 1923–1934 гг. собирал в различных районах Грузии (исторические провинции Картли, Кахети, Имерети, Рача-Лечхуми, Самцхе-Джавахети, Тушети, Саингило, Гудамакарское ущелье) предметы церковного и светского искусства. Уже в 1930 г. Кутаисский музей, фонды которого продолжали обогащаться, занял одно из первых мест среди научно-исследовательских и культурных центров Грузии. Особенно активно с 1960 гг. фонды Кутаисского музея пополнялись материалами, отражавшими разные периоды культуры и истории Грузии. Для их хранения и изучения были образованы отделы: древней истории, Средневековья и искусства, Новой истории, этнографический и культурно-просветительный. С 1968 г. Кутаисский музей выпускает сборник научно-исследовательских изысканий «Материалы государственного Кутаисского исторического музея» (издано 22 выпуска), в котором печатались статьи известных грузинских учёных Н.А. Бердзенишвили, Георгия Александровича Меликишвили, М.В. Николеишвили, Нодара Юлоновича Ломоури, О. Ланчава и др. По инициативе музея ежегодно организовываются краеведческие экспедиции, в течение последних 30 лет сотрудники Кутаисского музея принимают участие в археологических раскопках в Кутаиси и его предместьях (Баграта храм, монастыри Гелати, Моцамета), проводят временные выставки и осуществляют образовательные программы. Кутаисский музей ведёт активную научно-просветительную деятельность: регулярно проводит научные конференции, культурные акции. В 2011 г. Кутаисский музей был переведён в новые здания, оснащённые в соответствии с современными требованиями. Фонды археологии и палеонтологии (археологические, палеонтологические, природные, нумизматические коллекции); рукописей и старопечатных книг (коллекции рукописей и старопечатных книг, исторических документов и архивов, карт и технических чертежей); этнологический (коллекция металлов, в том числе коллекция военных снаряжений; коллекция глиптики и изделий из дерева, стекла, фарфора, керамики); изобразительного искусства и дорогих металлов (коллекции чеканных изделий, иконописи и церковной утвари, текстиля и изобразительного искусства); новой истории и просвещения (в том числе фото- и фоноколлекция); научная библиотека.