В 1930–1984 гг. на территории монастыря размещался архив Октябрьской революции, позже переименованный в Государственный архив Курской области, с 1984 г. – Научно-методический центр Управления культуры и библиотека для слепых. Однако, по некоторым сведениям, монашеская община при Курском женском монастыре продолжала существовать. По воспоминаниям, монахини проживали в Курске, зарабатывая на жизнь тем, что стегали одеяла. Часть сестёр в 1932 г. проходили по уголовно-политическому делу так называемой Контрреволюционной церковно-монархической организации «Ревнители Церкви», которую возглавлял архиепископ Курский и Обоянский Дамиан (Воскресенский). В 1942 г. Курский женский монастырь был открыт, к 1947 г. в обители числились 25 монахинь и 130 рясофорных послушниц. 8 июня 1947 г. указом Патриарха Алексия I (Симанского) настоятельницей Курского женского монастыря с возведением в сан игуменьи была утверждена бывшая казначея монахиня Агния (Меленина). В июле 1950 г. Курский женский монастырь был закрыт, имущество по распоряжению Курского епископа Нестора (Сидорука) передано в нижний Троицкий храм. В том же году купол над св. воротами был разобран, здание храма реставрировалось как исторический памятник республиканского значения. Летом 1993 г. часть храмового комплекса была передана Курской и Белгородской епархии. В здании церкви разместились классы и церковь Курской духовной семинарии. 26 августа 1993 г. состоялось архиерейское освящение церкви, возобновились богослужения. В семинарский Троицкий храм была передана монастырская святыня – чудотворная икона Божьей Матери «Троеручица». 26 февраля 1994 г. решением Синода Курский женский монастырь был открыт. Монастырь возглавляла монахиня Серафима (Коноваленко), с 26 декабря 2002 г. по 24 декабря 2004 г. – монахиня Нина (Бодяк; в схиме Иоанна; ум. в 2005 г.). 14 августа 2004 г. по благословению Патриарха Алексия II (Ридигера) в Курский женский монастырь была переведена женская община, сложившаяся при Иосифовом Волоколамском (Волоцком) в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре под духовным руководством схимонахини Антонии (Сухих). 17 августа 2004 г. указом митрополита Курского и Рыльского Ювеналия (Тарасова) схимонахиня Антония была назначена благочинной монастыря. С 11 апреля 2006 г. настоятельницей была монахиня Сусанна (Барыкина; с 2012 г. – игуменья). 14 октября 2006 г. часть сестёр переехали в женский монастырь Алексия, человека Божия, в посёлке Золотухино. К 2015 г. были восстановлены храм Новодворской иконы Божьей Матери (главный придел освящён 13 января 2015 г.), Смоленская церковь, колокольня, ремонтируется Троицкий храм с приделами Иоасафа Белгородского, Серафима Саровского и Рождества св. Иоанна Предтечи. С 2005 г. в Курском женском монастыре действуют воскресная детская школа, детская театральная студия, с сентября 2011 г. открыт православный Центр духовно-эстетического развития детей дошкольного возраста. В обители существуют исторический кабинет и архив, ведётся научно-исследовательская и просветительская работа. В результате исследований на курском Никитском кладбище выявлено более 30 захоронений насельниц монастыря. На месте массового расстрела в 1937–1938 гг. в лесном урочище Солянка установлен поклонный крест-Голгофа.