В 1860 г. к Троицкой церкви пристроили приделы: в южном освятили престол в честь Рождества св. Иоанна Предтечи, а в северном устроили ризницу. 27 сентября 1852 г. по ходатайству игуменьи Алевтины при Курском женском монастыре была открыта монастырская больница на 10–12 мест, в организации которой участвовало Курское попечительство о бедных духовного звания, приславшее 1 тыс. руб. на покупку дома и ежегодно переводившее в пользу больницы по 300 руб. Курский архиепископ Илиодор (Чистяков) пожертвовал 500 руб., помещик Аркадий Аркадьевич Нелидов завещал на нужды больницы выплачивать по 200 руб. ежегодно. 29 июня 1853 г. в Курском женском монастыре была открыта богадельня на восемь престарелых сестёр. Первоначально она располагалась в кельях под тёплой церковью, позже была переведена в новый монастырский корпус. Сохранилось 18 писем оптинского старца преподобного Макария (Иванова) игуменье Алевтине (Российская государственная библиотека). В 1865 г. игуменья Алевтина была погребена в северо-западном углу Смоленского храма. 29 августа 1865 г. в сан игуменьи была посвящена монахиня София (Ступина; 1817–1909 гг.), ученица оптинских старцев, в том числе преподобного Леонида (Наголкина). Во время её настоятельства, к 1892 г., в Курском женском монастыре проживало 425 сестёр, обитель достигла наибольшего расцвета. Здесь подвизались слепая старица Рахиль (в схиме Серафима), имевшая дар прозорливости, ризничная монахиня Пиама (ум. в 1878 г.), монахиня Еликонида, отличавшаяся необычайно кротким отношением к сёстрам, схимонахиня Александра (ум. в 1895 г.) и монахиня Ангелина (ум. в 1895 г.). В северо-восточной угловой башне ограды Курского женского монастыря проживала юродивая Евдокия Алексеевна Расторгуева (1790–1870 гг.). В 1870 г. в Курский женский монастырь был пожертвован список Тихвинской иконы Божьей Матери, принадлежавший роду Трубицыных. По преданию, однажды Трубицыны переезжали из одного имения в другое и везли с собой Тихвинскую икону, которая была закрыта полотном. Дорогой пошёл дождь, поднялся сильный ветер, стекло на иконе разбилось, и мокрое полотно ударяло о лик Богородицы. После приезда на место обнаружилось, что лик Богоматери смыт. Немедленно был приглашён живописец, которого поместили в комнате, где стояла икона. Ночью он проснулся от света, исходящего от образа Богоматери. Живописец потерял сознание, а когда очнулся, свет исчез. Подойдя к образу, он увидел, что лик Божьей Матери уже не нуждается в исправлении: икона сама обновилась. Николай Трубицын отдал чудотворный образ в Курскую Коренную в честь Рождества Пресвятой Богородицы пустынь. После смерти Николая его жена, Е.Н. Трубицына, поступила в Курский женский монастырь и приняла постриг в рясофор с именем Леонида. Старинная икона находилась в Новодворском храме с правой стороны. 15 июня 1881 г. с Афона в Курск была привезена икона Божьей Матери «Достойно есть». По благословению игуменьи Софии она была поставлена в Новодворском храме с левой стороны в резном вызолоченном киоте, в 1883 г. украшена серебряной вызолоченной ризой.