В середине 1370 гг. так поступить было уже невозможно. 13 февраля 1375 г. была создана новая провинция католической церкви с центром в Галиче (с 1412 г. – во Львове) и с епископскими кафедрами в Галиче, в Перемышле, во Владимире-Волынском и в Холме. Предписывалось устранить с этих кафедр православных епископов. В этих условиях угроза литовцев становилась очень реальной. Кроме того, в условиях экспансии католицизма нужно было положить конец расстройству церковной жизни на землях Великого княжества Литовского. Во Владимире-Волынском должен был появиться католический епископ, а православного епископа здесь в течение ряда лет не было. Приемлема была для Филофея и кандидатура хорошо известного ему Киприана. 2 декабря 1375 г. патриарх возглавил епископскую хиротонию Киприана. Составленное при этом деяние не сохранилось, но исследователи реконструируют его по ссылкам на него в соборном деянии 1389 г. Киприан был поставлен митрополитом Киевским и Литовским, с тем чтобы после смерти митрополита всея Руси Алексия под власть Киприана перешла и московская часть митрополии. На время пребывания Киприана в Литве в 1374–1375 гг. пришлась осуществлённая при его активном участии канонизация Виленских мучеников – литовских бояр Антония, Иоанна и Евстафия, которые приняли православие и за это были казнены по приказу великого князя Ольгерда. Канонизация была проведена патриархом Филофеем в Константинополе, куда были доставлены частицы мощей святых. По мнению исследователей, идя навстречу пожеланиям Литовского великого князя, Филофей рассчитывал обратить в православие литовских язычников. В Москве поставление Киприана было воспринято как успех старого врага – Литвы и вызвало острую отрицательную реакцию, которая усилилась вследствие действий Киприана. Зимой 1376/1377 гг. в Новгород прибыли послы Киприана с сообщением, что его «благословил» патриарх Филофей митрополитом «на всю Русскую землю». Таким образом, Киприан попытался распространить свою власть и на те епархии, которые, по соборному деянию, должны были оставаться под властью митрополита Алексия. Кроме того, как указывалось в соборном деянии 1380 г., против митрополита Алексия были выдвинуты какие-то обвинения, составление которых в Москве приписывали Киприану. Для проведения расследования в Москву были направлены послы Константинопольского патриарха, которые прибыли в начале 1376 г. Приход послов вызвал в Москве резко отрицательную реакцию. Как писал позднее Киприан, «патриарха литвином называли, царя тако же»; в соборном деянии 1380 г. отмечено, что и «на митрополита Киприана... произносили страшные проклятия» («Памятники древнерусского канонического права»). Исследователи полагают, что тогда же было принято решение о том, кто должен стать преемником митрополита Алексия. За два года до его смерти, в 1376 г., «печатник» Дмитрия Донского Митяй был пострижен в монашество с именем Михаил и поставлен настоятелем придворной обители – московского в честь Преображения Господня монастыря в Кремле. Сведения о первых шагах Киприана по управлению митрополией содержатся в его послании 1378 г. преподобному Сергию Радонежскому и архимандриту московского Симонова в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря преподобному Феодору.