В 1536–1539 гг. Томас Кромвель по-прежнему оставался основным проводником королевской религиозной политики в парламенте. Считается, что он был сторонником радикальных протестантских преобразований, так что в 1540 г. его даже обвиняли в симпатиях к анабаптизму. В то же время его стремление к реформам могло реализовываться не иначе, как в рамках, определённых королевским курсом церковной политики. В 1536 г. Томас Кромвель принял активное участие в публикации «Десяти статей», вызвавших серьёзные протесты и ставших одной из причин крупнейшего восстания в Северной Англии, так называемого Благодатного паломничества, участники которого требовали в числе прочего удаления Томаса Кромвеля из совета и суда над ним по обвинению в ереси и государственной измене. После подавления восстания, в феврале 1537 г., он созвал синод, который под руководством Томаса Кранмера и Эдуарда Фокса, епископа Херефордского, составил так называемую «Книгу епископов» («Bishops' Book», или «Institution of a Christian Man»), излагавшую основные положения нового вероучения. Она была опубликована с королевского разрешения, однако не получила официального Высочайшего одобрения, что делало её статус неоднозначным. В 1538 г. Томас Кромвель в числе других организовал кампанию по борьбе с такими «пережитками католицизма», как иконопочитание, поклонение мощам, паломничества и прочие подобные «суеверия», во время которой, в частности, была разрушена гробница св. Фомы Бекета в кентерберийском соборе, а мощи его, возможно, были сожжены или перезахоронены. В том же году началась вторая волна диссолюций, затронувшая на этот раз все оставшиеся в королевстве монастыри. Деятельность Томаса Кромвеля в этот период не ограничивалась церковной политикой – во второй половине 1530 гг. он был фактически главным министром короля и реализовал ряд важных преобразований в английской системе управления, направленных на большую концентрацию власти в руках монарха; эти преобразования иногда исследователи называют «тюдоровская революция в управлении». Он управлял королевскими финансами, инициировав учреждение нескольких специальных институций для регулирования поступавших в казну средств от роспуска монастырей и присвоения королём десятин и других платежей, ранее передаваемых в Рим. Для укрепления королевского влияния в северной части Англии, где были особенно сильны католические настроения, в 1537 г., вскоре после подавления «Благодатного паломничества», был восстановлен специальный орган управления – Совет Севера (он был учреждён ещё в 1472 г., однако после 1502 г. собирался лишь изредка). Помимо этого Томас Кромвель приложил значительные усилия для укрепления королевской власти и установления супрематии в Ирландии и Уэльсе, пытался бороться против огораживаний и т.д. Его усилия были щедро вознаграждены королём: в 1537 г. он стал кавалером ордена Подвязки и деканом собора в Уэльсе, в 1538 г. назначен управляющим островом Уайт, в разные годы был констеблем нескольких замков и т.д. К концу 1538 г. отношение Генриха VIII к реформационным преобразованиям изменилось, фактически он решил вернуться к католическому вероучению. При дворе постепенно усиливается влияние многочисленных противников Томаса Кромвеля, несмотря на его усилия в борьбе с оппозицией (по его инициативе в конце 1538 – начале 1539 гг. были осуждены и казнены несколько видных сторонников католицизма).