Бракоразводный процесс Генриха VIII и Екатерины Арагонской, начавшийся в 1527 г., и провал переговоров с папскими легатами фактически привели к падению Томаса Уолси. После его опалы осенью 1529 г. Томас Кромвель, несмотря на своё положение в окружении лорд-канцлера и тот факт, что он не относился к числу обвинителей Томаса Уолси, смог избежать негативных последствий для карьеры, перейдя на службу к королю. В ноябре 1529 г. Томас Кромвель был избран в палату общин специально созванного «реформационного парламента», который в течение нескольких следующих лет принял основные законодательные акты, устанавливавшие независимость церкви Англии от Рима и её права, утверждавшие королевскую супрематию. По мнению исследователей, в конце 1530 г. Томас Кромвель был назначен членом Тайного совета (наиболее раннее упоминание в этом качестве относится к январю 1531 г.) и исполнял рутинные административные обязанности. К началу 1531 г. он был одним из основных сторонников королевской политики в парламенте, отстаивал интересы монарха во время второй сессии «парламента реформации» в январе-марте 1531 г. По крайней мере, с 1532 г. он стал одним из основных авторов законопроектов, в частности, правки, сделанные его рукой, исследователи встречают на черновике «Акта об ограничении апелляций», принятого парламентом в 1533 г. Во время подготовки третьей сессии «парламента реформации», происходившей с января 1532 г., Томас Кромвель оказал значительное влияние на формирование состава нижней палаты во время дополнительных выборов. В ходе заседаний, манипулируя антицерковными настроениями парламентариев, он вынудил палату общин подать Генриху VIII петицию, в которой осуждались злоупотребления духовенства и власть церковных судов, а король назывался «единственным главой, государем, покровителем и защитником» церкви. После завершения следующей сессии парламента лорд-канцлер Томас Мор ушёл 14 мая 1532 г. в отставку, а его место в январе 1533 г. занял Томас Одли, сторонник развода короля. В начале 1533 г. возникла необходимость ускорить бракоразводный процесс из-за беременности Анны Болейн и тайного брака, заключённого между ней и королём в январе того же года. Перед следующей сессией парламента, которая началась 4 февраля 1533 г., Томас Кромвель смог благодаря очередным дополнительным выборам увеличить влияние на палату общин. Он добился принятия в начале апреля «Акта об ограничении апелляций», запрещавшего обращения к папе Римскому по судебным и иным вопросам. Соответственно какое бы решение ни было принято английскими светскими и церковными властями по поводу развода короля, теперь оно не могло быть оспорено на основании мнения понтифика, по-прежнему возражавшего против расторжения первого брака Генриха VIII. Принятие этого акта позволило значительно ускорить бракоразводный процесс: уже в мае Кентерберийский архиепископ Томас Кранмер объявил брак короля и Екатерины Арагонской незаконным и признал его союз с Анной Болейн, которая летом была коронована как английская королева. За усилия Томаса Кромвеля в этом деле монарх даровал ему поместье Ромни в Ньюпорте в Уэльсе (17 мая 1532 г.), он также был назначен хранителем королевских драгоценностей (14 апреля 1532 г.) и канцлером казначейства (12 апреля 1533 г.). С декабря 1533 г. по королевскому приказу папа и католическая церковь активно критикуются в памфлетах и проповедях по всему королевству. Окончательный разрыв церкви Англии со Святым престолом был оформлен актами, принятыми на двух сессиях парламента в 1534 г. (с 15 января по 30 марта и с 3 ноября по 18 декабря).