Томас Кромвель по-прежнему оказывал решающее влияние на деятельность парламента, фактически управляя им. Во многом благодаря его усилиям в марте 1534 г. парламент принял «Акт о престолонаследии», объявлявший принцессу Марию, дочь Екатерины Арагонской, незаконнорождённой и провозглашавший наследником престола нерождённого ребёнка Анны Болейн (в сентябре того же года у неё родилась дочь, впоследствии королева Елизавета I). По акту все, от кого этого потребуют, были обязаны принести присягу новой королеве и её будущему ребёнку, отказавшиеся подлежали суду за государственную измену. В ту же сессию парламент принял «Акт о лепте Святого Петра и диспенсациях», не только запрещавший платежи в пользу папы Римского, но и передававший архиепископу Кентерберийскому право издавать диспенсации, которое принадлежало Святому престолу, а также разрешавший королю проводить визитации монастырей. На следующей, седьмой, сессии «реформационного парламента» разрыв церкви Англии с Римом был окончательно оформлен «Актом о супрематии», провозглашавшим короля единственным главой церкви, а отрицание этого установления каралось новым «Актом о государственной измене» (в соответствии с данным статутом были казнены Томас Мор и Джон Фишер, епископ Рочестерский). Кроме того, на этой сессии был принят второй «Акт о запрете аннатов» (первый действовал с 1532 г.), полностью упразднявший этот вид платежей в пользу папы, а также де-юре установивший королевский контроль над избранием епископов (де-факто король утверждал их и раньше). К этому времени Томас Кромвель стал одним из наиболее влиятельных людей в Англии. Не позднее апреля 1534 г. король назначил его своим секретарём, а 8 октября 1534 г. – начальником судебных архивов (одна из высших должностей в английской судебной системе). После оформления королевской супрематии он стал королевским генеральным викарием, ответственным за проведение церковной политики и реализацию актов 1534 г. Томас Кромвель обязал всех священников Англии проповедовать новое учение и защищать королевскую супрематию, а мировые судьи должны были докладывать ему о нарушениях. 21 января 1534 г. Томас Кромвель получил королевское поручение организовать визитации английских монастырей. В результате работы назначенной им комиссии к лету того же года была составлена подробнейшая опись монастырской собственности, использовавшаяся при роспуске монастырей, – «Valor Ecclesiasticus». Диссолюция монастырей началась после принятия седьмой сессией «реформационного парламента» (4 февраля 1536 г. – 14 апреля 1536 г.) акта о роспуске монастырей с годовым доходом меньше 200 фунтов. Разногласия по поводу использования полученных таким образом средств и всевозрастающее влияние Томаса Кромвеля на королевскую политику привели к ухудшению его отношений с королевой Анной Болейн, так что она даже поручила своим капелланам осудить его в проповедях (наиболее известной была проповедь Джона Скипа, произнесённая 2 апреля 1536 г.), впрочем, её собственное положение при дворе стало к этому времени весьма шатким. Усиление влияния её противников (прежде всего, Сеймуров), растущее нетерпение короля, так и не дождавшегося сына, и его увлечение Джейн Сеймур привели к опале и аресту Анны Болейн. Исследователя не вполне ясно, какова была роль Томаса Кромвеля в этой истории, за исключением того, что он по королевскому указу принимал участие в её аресте и последовавшем судебном процессе, однако исследователи констатируют, что после казни королевы 19 мая 1536 г. его влияние усилилось. Так, летом 1536 г. он оставил должность Хранителя свитков, 2 июля был назначен лордом-хранителем малой печати вместо Томаса Болейна, графа Уилтширского, отца Анны Болейн, 8 июля Томас Кромвель получил титул барона. В 1537 г. его сын Грегори женился на Элизабет Сеймур, сестре королевы Джейн Сеймур.