Сложности возникли и при принятии второй редакции «Книги общих молитв» в 1552 г.: Джон Нокс, недавно назначенный королевским капелланом, в проповеди перед герцогом Нортамберлендским раскритиковал практику преклонения колен во время литургии. Томасу Кранмеру с трудом удалось в октябре 1552 г. возобновить печать «Книги общих молитв», однако он был вынужден добавить в неё пояснение смысла этой практики. Венцом церковных преобразований, осуществлённых Томасом Кранмером в правление Эдуарда VI, исследователи считают составление им «42 статей» (официального вероисповедания Церкви Англии) к 1551–1552 гг. После того как с проектом, включавшим первоначально 45 статей, ознакомились король, представители высшего духовенства, члены Тайного совета и совета капелланов короля, высказавшие свои замечания и предложения, архиепископ сократил количество статей до 42 и внёс в текст незначительные изменения. Окончательный вариант был одобрен членами Тайного совета 23 ноября 1552 г. Достоверных данных об их утверждении конвокацией у исследователей нет, хотя в протоколах синода 1563 г. содержится отсылка к «Лондонскому синоду», якобы утвердившему 42 статьи. В мае 1553 г. король предписал разослать эти статьи духовенству для ознакомления, а летом того же года Эдуард VI утвердил 42 статьи как официальный Символ веры Англиканской церкви, хотя в них присутствовали основные положения, характерные для разных протестантских учений: оправдание верой, предопределение спасения, два таинства, отрицание пресуществления и др. Смерть Эдуарда VI и приход к власти Марии Тюдор приостановили публикацию этого документа. Впоследствии, во время правления Елизаветы I, переработанные 42 статьи легли в основу нового Символа веры – «39 статей». Летом 1553 г. Томас Кранмер поддержал претензии Джейн Грей на английский престол, подкреплённые завещанием короля Эдуарда VI, написанным под влиянием герцога Нортамберлендского, однако, судя по всему, не принял непосредственного участия в заговоре с целью отстранения королевы Марии от власти. До конца лета он сохранял свою должность (8 августа участвовал в похоронах короля), однако уже тогда рекомендовал всем сторонникам Реформации (как англичанам, так и приехавшим с континента) как можно скорее покинуть королевство. Томас Кранмер отказался вести мессу в Кентерберийском соборе и 14 сентября 1553 г. предстал перед судом Звёздной палаты, который отправил его в Тауэр, где уже находились видные английские протестанты – Хью Латимер и Николас Ридли. 13 ноября он был обвинён в измене и приговорён к смерти. 8 марта следующего года его вместе с Хью Латимером и Николасом Ридли перевели в тюрьму Бокардо в Оксфорде, где они должны были ждать суда по обвинению в ереси. Процесс начался 12 ноября 1555 г. и проходил под юрисдикцией папы. 5 декабря он лишил Томаса Кранмера архиепископского сана, признал виновным в ереси и передал приговор для исполнения светским властям королевства. В последние месяцы жизни Томас Кранмер некоторое время провёл в доме декана оксфордского собора, где написал четыре отречения, в которых признавал власть королевы и папы. Тем не менее, 14 февраля 1556 г. он был лишён сана священника и возвращён в тюрьму, где составил пятое отречение, в котором отказывался от своих прежних взглядов и целиком признавал католическую церковь и её учение. Его отречение было опубликовано 18 марта, но к тому времени королева твёрдо решила устроить показательную казнь трёх видных реформаторов, и Томас Кранмер, Хью Латимер и Николас Ридли были сожжены в Оксфорде.