В эти годы Томас Кранмер всё чаще проявлял себя как последовательный протестант, чему способствовала королевская политика в области религии, направленная на реформирование церкви. Так, в 1537–1538 гг. в составе посольства от государств Шмалькальденской лиги в Англию были приглашены несколько немецких богословов, встречавшихся с королём, Томасом Кромвелем и Томасом Кранмером. Хотя их миссия не достигла цели, и предложения немцев по объединению на основе «Аугсбургского исповедания» (которое поддержал Томас Кранмер) не нашли одобрения у короля и определённой части английских епископов, результатом стремления Генриха VIII установить союз с немецкими протестантскими княжествами стал его брак с Анной Клевской в январе 1540 г. Серьёзные опасения Томаса Кранмера и других английских протестантов, а также их немецких сторонников (в частности, Филиппа Меланхтона) вызвала резкая перемена церковной политики короля в конце 1538 – начале 1539 гг., которая наиболее ярко проявилась в принятии парламентом в феврале 1539 г. Шестистатейного статута. Он восстанавливал некоторые существенные черты католического учения, отвергнутые протестантами (признавались пресуществление во время евхаристии, причащение мирян под одним видом, целибат для клириков, частные мессы и т.д.), и устанавливал суровые наказания за неповиновение, вплоть до смертной казни. Опасаясь возможных гонений, Томас Кранмер даже переправил свою семью, которая со времени его избрания архиепископом жила в затворничестве, на континент. Несмотря на то что Шестистатейный статут был отменён только после смерти Генриха VIII его сыном Эдуардом VI, Томасу Кранмеру и Томасу Кромвелю удалось вернуть расположение короля уже к осени 1539 г., когда они участвовали в организации нового брака Генриха VIII и Анны Клевской. Согласно некоторым источникам, Томас Кранмер возражал против этого союза, считая, что король должен жениться на Екатерине Ховард, юной фрейлине, ставшей позже его пятой женой, однако Томас Кромвель, которому архиепископ высказывал свои сомнения, его не поддержал. Этот брак короля продлился около полугода и в июле 1540 г. был расторгнут по приказу монарха синодом под председательством Томаса Кранмера и Стефана Гардинера. Разрыв этого союза, стоивший жизни Томасу Кромвелю, не пошатнул влияния архиепископа и доверия к нему короля: так, в июне 1541 г., во время путешествия короля и королевы в Северную Англию, Томас Кранмер оставался одним из трёх его фактических наместников (вместе с лордом-канцлером Томасом Одли, бароном Уолденом и Томасом Сеймуром, графом Херефордским). В это время он получил сведения о супружеской измене королевы, которые передал королю после его возвращения, что привело, в конечном счёте, к суду над Екатериной Ховард и к её казни. В первой половине 1540 гг. король продолжал следовать курсу, намеченному Шестистатейным статутом. Так, Книга епископов была в 1543 г. заменена «Королевской книгой», в основном, воспроизводившей положения статута, и был принят акт, запрещавший чтение Библии простолюдинам. В то же время Томасу Кранмеру удалось произвести определённые изменения в литургии, которые отразились позднее в «Книге общих молитв». Английские католики пытались дискредитировать в глазах короля сторонников Реформации, в том числе и Томаса Кранмера.