В первые годы настоятельства Корнилия монахи пустыни жили бедно, о чём повествует «Чудо о преизобиловании муки ржаной въ сусеке» (Отдел письменных источников Государственного исторического музея). Однажды пекарь пришёл к Корнилию и сообщил, что муки осталось на одну выпечку, однако по молитвам игумена запасы хлеба в обители не оскудевали. В 1661 г. Корнилий обратился к патриарху с челобитной, в которой просил не взимать с пустыни казённые платежные пошлины, поскольку «платить стало нечем, мѣсто скудное», а «приходу де у той их монастырьской церкви никого нѣтъ» (Отдел письменных источников Государственного исторического музея). По указу патриарха пошлины были отменены, а монастырский храм исключён из окладных книг. Отношения игумена с братией складывались непросто: Корнилий неоднократно уходил из монастыря, искал пустынные места для поселения, но снова возвращался. По традиции, установленной основателем пустыни преподобным Лукианом, Корнилий оказывал духовную поддержку монахиням женского Успенского монастыря в Александровской слободе. В ноябре-декабре 1661 г. по прошению александровской игуменьи Иулитты Корнилий был утверждён духовником женской обители, в которой проживали тогда 18 монахинь. Он восстановил общежительный устав сначала для насельниц трёх келий, затем распространил его на всю обитель. Царь Алексей Михайлович дал обители денежную ругу при условии сохранения общежития. Духовник ввёл в обители общую трапезу, повелел всё личное имущество (деньги, сосуды, съестные припасы) сдать в казну. Некая старица Варвара утаила серебро, спрятав его в лапте, но после внушения сестёр отдала всё казначее. Корнилий не разрешал принимать у себя в кельях родственников, часто посещать их: отпускал монахинь домой раз в три недели, затем увеличил этот срок до шести недель. В воскресные дни старицам под надзором игуменьи разрешалось «погулять и мало утешитися от уныния в тихое место: в поле или близ реки, идеже несть людскаго пути». Монахиня могла принять ризы или другое имущество от благотворителей только по благословению духовника. Денежные пожертвования отдавали в казну, Корнилий разрешал взять на личные нужды немного денег: «...Калач купить или ягод и мыла». Монастырские казённые деньги получали только певчие на клиросе. По мнению исследователей, к концу 1660 относится конфликт Корнилия с братией Лукиановой пустыни, обвинявших его в том, «что и свою обитель оставил, о другой печется. К нашей бо церкви и поставлен в священники и в строители учинен, а тамо живет без святительского благословения». По ходатайству игуменьи Анисии и заступничеству боярина Фёдора Михайловича Ртищева патриарх Иоасаф II благословил Корнилия пребывать в Успенском монастыре, а Лукианову пустынь посещать для духовного руководства («в Лукианову ж пустыню ездити из недели в неделю»). Сначала Корнилий жил в келье у св. ворот, затем построил собственный двор близ обители. Согласно описи 1675–1677 гг., Корнилий, старец Феофан и два келейника – иноки Исихий и Варлаам жили на монастырском дворе, «во осыпи против монастырских ворот» (Отдел письменных источников Государственного исторического музея). Под руководством Корнилия монахини Успенского монастыря вели активную хозяйственную деятельность.