Архиепископ Иннокентий (Борисов) сразу же назначил новых клириков на руководящие должности: в июле 1848 г. из архиерейского дома в Одессе был перемещён благочинным Корсунского монастыря иеромонах Парфений (впоследствии настоятель Кизилташского во имя святителя Стефана Сурожского монастыря). Наместником Корсунского монастыря при настоятеле архиепископе Иннокентии (Борисове) стал иеромонах Доримедонт, обучавшийся в Черниговской духовной семинарии, казначеем – рясофорный протоиерей Иеремия Гайдабура, экклесиархом – иеромонах Прокопий (Сливков). С 1857 г. Корсунским монастырём управлял архиепископ Димитрий (Муретов). В 1850 г. наместником определён 42-летний игумен Николай (Ковалевский), сын священника, учившийся в Екатеринославской духовной семинарии. В 1854 г. новым наместником назначен архимандрит Митрофан, выпускник Орловской духовной семинарии. В 1855 г. в Корсунском монастыре пострижен в монашество Николай (Левченко), ставший преемником игумена Парфения на должности настоятеля Кизилташской киновии после трагической гибели игумена в 1866 г. (Государственный архив Республики Крым). В 1860–1863 гг. наместником Корсунского монастыря был иеромонах Гедеон из военного звания, выпускник Харьковской духовной семинарии. После выделения Таврической епархии из состава Херсонской в конце 1859 г. Корсунский монастырь остался в составе последней на три года, но в 1863 г. вошёл в состав новосозданной Таврической епархии. При этом управлять Корсунским монастырём стали настоятели. После хищения крупной суммы денег в 1837 г. и потрясений 1840 гг. экономическое благосостояние монастыря несколько пошатнулось. Ежегодный соляной доход с 1858 г. составлял не больше 10 тыс. руб., т.к. братии снова стали выделять участки на озёрах, где они могли добывать соль. Однако в 1860 гг. в монастыре стали разводить скот: в 1868 г. Корсунский монастырь владел стадами овец – 1936 голов, коров, тёлок и быков – 157, телят – 51, бугаёв – 9, лошадей – 140, волов – 21 пара. Значительные суммы из ежегодных доходов Корсунский монастырь перечислял на епархиальные нужды, в том числе на восстановление храмов и монастырей после Крымской войны, на строительство училищных зданий, кафедрального собора, на содержание духовных школ епархии, а в 1870 гг. – на строительство здания Таврической духовной семинарии. С 1864 г. Корсунский монастырь выделял от 3 до 5 тыс. руб. на содержание училища для девиц духовного звания, пока в 1881 г. не упали доходы от соляных промыслов. Доход от продажи свечей 500 руб. с 1866 г. монастырь полностью направлял на содержание духовного епархиального мужского училища. С 1864 г. Корсунский монастырь снова возглавил архимандрит Николай (Ковалевский), в 1854–1864 гг. – настоятель бахчисарайского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, с 1860 г. – благочинный крымских монастырей и скитов. В 1869 г. из Бахчисарайского скита в Корсунский монастырь был переведён архимандрит Дионисий (Никольский; 1814–1895 гг.), выпускник Курской духовной семинарии. В 1870 г. архимандриту Дионисию (Никольскому) было преподано архипастырское благословение Таврического  епископа Гурия (Карпова) за «заботливость к благоустройству» обители (Государственный архив Республики Крым).