В Корсунском монастыре произошли и новые скандалы: иеромонаха Даниила (Бондарева) в 1847 г. лишили сана, а иеродиакона Павла (Проценко) после ссылки в Бизюков монастырь запретили в священнослужении. Важнейшим поводом к закрытию единоверческого монастыря и последующему преобразованию в православную обитель послужило нравственное состояние братии. Синод назначил ревизию Корсунского монастыря, которую проводил настоятель Бизюкова монастыря и ректор Екатеринославской духовной семинарии архимандрит Иона (Капустин). Материал, накопленный в ходе ревизии и уголовных дел, давал основания для смены насельников и преобразования монастыря в православный. Одной из причин «охлаждения» братии в вере, по мнению иеромонаха Ионы (Панкеева), стало низведение особенностей старообрядчества к наличию старопечатных книг, особых напевов и формы камилавок. Временно управлявший Корсунским монастырём архимандрит Иосиф неоднократно утверждал, что монастырь посещается почти только православными богомольцами и в обитель хотели бы поступить многие достойные православные люди, а сама братия в прошении выражала желание, чтобы Корсунский монастырь был приведён в «неразнственное» с православными монастырями положение. Все эти основания и были указаны в рапорте Синоду новоназначенного Херсонского архиепископа Иннокентия (Борисова). Иннокентий указывал, что для восстановления благоустройства на началах единоверия нет возможностей, т.к. отсутствует достойная братия, единоверцы монастырь не посещают, а православные верующие могут «соблазниться» от различия в пении и обычаях. В 1846–1848 гг. Корсунский монастырь возглавляли иеромонах Димитрий (Глазунов), архимандрит Иосиф и иеромонах Кирилл II (Кривоузов). Первый состоял под следствием по оговору Арсения Некрасова, архимандрит Иосиф был назначен Синодом в начале 1847 г. временно управляющим обители и в конце 1847 г. переведён настоятелем Климовского Покровского единоверческого монастыря Черниговской епархии. Иеромонах Кирилл II происходил из духовного сословия, в 1810 г. рукоположён во диакона, в 1812 г. – во иерея. С 1822 г. исправлял должность благочинного, в 1837 г. по приглашению архиепископа Гавриила (Розанова) поступил в братию Бизюкова монастыря; в 1842 г. в одесском Успенском монастыре пострижен в монашество, в 1846 г. назначен благочинным Корсунского монастыря, 14 декабря 1847 г. – управляющим обителью. Однако и многоопытный иеромонах Кирилл II допустил финансовые нарушения и в августе 1848 г. отправлен Иннокентием (Борисовым) на покой в Бизюков монастырь. Благодаря значительным ежегодным доходам Корсунский монастырь передавал крупные суммы на благотворительность: в 1842 г. пожертвовал 5 тыс. руб. на строительство женского монастыря в Одессе, оплачивал ежегодно содержание в школах пятерых мальчиков и пять девочек духовного звания, содержал единоверческую церковь и причтовые дома в Херсоне. В 1848 и 1849 гг. по указам Синода Корсунским монастырём стали управлять Херсонские архиереи с правом иметь наместника. Им было предписано принять меры «в нравственном отношении» и по хозяйственной части; монастырь возведён в степень первоклассного, без назначения штатного обеспечения.