14 февраля 1926 г. состоялось собрание членов артели, на котором было решено объединиться в сельскохозяйственную коммуну «Искра», председателем был избран М.И. Кузнецов, в совет коммуны вошли представители всех трёх семей. К концу 1929 г. в коммуне трудились члены 22 семей, возглавил её член Вознесенского волисполкома 30-летний Ф. Анкудинов. Первоначально коммунары жили в двухэтажном братском корпусе, позже – в отапливаемых помещениях Успенской церкви; в подвале Никольского собора держали скот. Документы 1930 г. свидетельствуют, «что стена разобрана на дрова, в настоятельском корпусе скотный двор, церкви открыты, переходы разваливаются, портал разбивают». Летом 1933 г. пожар уничтожил верхнюю половину колокольни. Часть верующих коммунаров, посчитав это Божьей карой, уехала. К середине 1935 г. у стен Корельского монастыря осталось жить всего 15 семейств. Для того чтобы окончательно не потерять хозяйство, районное начальство решило объединить коммуну «Искра» с Кузьмозерским колхозом. В 1931 г. по заданию Исторического музея была организована вторая научная экспедиция – Беломорско-Онежская, которой руководил Пётр Дмитриевич Барановский. Причиной организации такой экспедиции стало тяжёлое положение памятников деревянного зодчества на Севере и необходимость сохранить лучшие произведения. Прибыв в начале августа в Корельский монастырь, П.Д. Барановский записал в дневнике экспедиции: «В монастыре в настоящее время помещаются сельскохозяйственная коммуна и лагерь пионеров. В главном Никольском соборе в папертях устроены спальни, в самом храме – клуб пионеров. Иконостас полуразрушен, вся резьба сбита, часть икон уничтожена. В малой церкви помещается театр коммуны, всё имущество церковного характера уничтожено». В 1932 г. под руководством П.Д. Барановского была разобрана и к осени 1933 г. доставлена в Москву, в музей-усадьбу Коломенское, восточная надвратная башня (около 1691 г.). С апреля по октябрь 2007 г. в Коломенском были проведены работы по реставрации башни и установке её на новом месте на искусственно созданной земляной насыпи, представляющей собой земляной вал. 18 июня 1936 г. рядом с Корельским монастырём был высажен первый десант строителей судоверфи, что стало началом посёлка Судострой (ныне город Северодвинск). В монастырских зданиях разместились общежитие, отдел кадров стройки, комитет комсомола, почта. В процессе строительства завода использовался опыт монахов. В частности, было неясно, как можно на болоте поставить цеха, сохранятся ли деревянные сваи в болотистом грунте. Когда вскрыли часть фундамента Никольского собора, то обнаружили, что сваи замурованы в непроницаемый глиняный панцирь, который и сохранял дерево. Этот опыт использовали при строительстве не только цехов, но и городской ТЭЦ - 1. Первоначально строительство шло при помощи вольнонаёмных рабочих. Однако 28 марта 1938 г. секретным решением правительства предусматривалось привлечение НКВД к строительству завода. 13 апреля нарком внутренних дел СССР Николай Иванович Ежов издал приказ: «Организовать Управление строительства №203 НКВД и Ягринский исправительно-трудовой лагерь с непосредственным подчинением ГУЛАГу НКВД». С 1 августа стройка перешла в ведение НКВД. К январю 1939 г. лагерь насчитывал больше 27 тыс. заключённых, к концу того же года – больше 32 тыс. В октябре 2009 г. при осмотре подклетов Никольского собора на стенах были обнаружены надписи, свидетельствующие о том, что в 1941–1942 гг. здесь располагались тюремные камеры.