После досрочного освобождения в 1927 г. вернулся в обитель. Был назначен епископом Маловишерским, викарием Новгородской епархии. Не поддержал «Декларацию» 1927 г. заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси) и в середине 1928 г. принял решение уйти на покой. Кирилл был близок к епископу Стефану (Беху), оппозиционно настроенному к митрополиту Сергию (Страгородскому). В июле 1928 г. епископ Стефан (Бех) совершил постриг Кирилла в схиму с именем Макарий в одном из храмов Александро-Невской лавры в Ленинграде, где не поминали за богослужением заместителя патриаршего местоблюстителя (см. в ст. «Непоминающие»). В конце августа того же года схиепископ Макарий вместе с епископом Стефаном (Бехом) и «непоминающим» епископом Василием (Докторовым) тайно хиротонисал постриженика Воскресенского монастыря Модеста (Василькова) во епископа Вытегорского. Уйдя на покой, Кирилл продолжал жить в Макариевой пустыни, служил ранние литургии. В ночь с 17 на 18 февраля 1932 г. был арестован вместе с братией монастыря (около сорока человек) по обвинению в «контрреволюционной деятельности» в ходе операции ОГПУ по ликвидации всех мужских и женских монашеских общин на территории Ленинградского военного округа. 22 марта 1932 г. приговорён Коллегией ОГПУ к трём годам ссылки в Казахстан. После возвращения из ссылки в 1935 г. проживал нелегально недалеко от закрытого Воскресенского монастыря, в районе городов Чудово и Любань. Имел многочисленных духовных чад, окормлял нелегальные общины «непоминающих» в пределах Новгородской, Калининской и Ленинградской епархий: объезжал города и сёла для исполнения тайных богослужений и треб, совершал тайные монашеские постриги и священнические хиротонии лиц, которых сам готовил к принятию сана, а потому позже шутя говорил, что у него были свои духовная академия и духовная семинария. По собственному свидетельству, в течение многих лет он не ночевал в одной квартире подряд две ночи, с большими предосторожностями и постоянной опаской скитался из одного селения в другое, работал у крестьян в колхозах в качестве пастуха. Во время Великой Отечественной войны, с осени 1941 г., находился на территории, оккупированной немецкими войсками, предположительно принимал участие в открытии закрытых храмов. В начале 1942 г. вместе с келейником Вуколом (Николаевым) получил разрешение от немецких оккупационных властей и руководства Прибалтийского экзархата РПЦ переехать в Псково-печерский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. Прибыл туда в марте того же года. Вёл в обители строгую молитвенную жизнь, ежедневно посещая храм. В Иванов день, 7 июля 1942 г., возглавил крестный ход вокруг монастыря. Участвовал в совещании архиереев Прибалтийского экзархата, состоявшемся в Псково-Печерском монастыре 29–30 августа 1943 г. Планировался его приезд на очередное архиерейское совещание в Ригу, но на Страстной седмице, в ночь с 31 марта на 1 апреля 1944 г., при налёте советской авиации на город Петсери (ныне Печоры) и Псково-Печерский монастырь схиепископ отказался спускаться в бомбоубежище во время вечерней молитвы и был убит осколком бомбы в своей келье. Погребён в Богозданных пещерах монастыря.