Из письма Ямбургского епископа Алексия (Симанского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси Алексий I) от 19 июня 1921 г. исследователям известно, что митрополит Петроградский Вениамин (Казанский) «туда собирается, а также многие из Царского [Села], Колпина и других мест Петроградской епархии». В конце 1917 г. по благословению Кирилла в Воскресенский монастырь был привезён большой список иконы Божьей Матери «Державная», обретённой в селе Коломенском под Москвой в марте 1917 г., после отречения императора Николая II. По воскресным и праздничным дням сразу после литургии при большом стечении верующих Кирилл служил молебны перед иконой вплоть до своего ареста. В 1919 г. в связи с кампанией по национализации церковного и монастырского имущества и деятельностью комиссии по ликвидации монастырей в Новгородском уезде Воскресенский монастырь был преобразован в трудовую сельскохозяйственную артель «Земля и труд». В 1922 г. часть территории обители была передана местному совхозу. Однако богослужения в монастырских храмах продолжали совершать, в кельях жили от 30 до 40 насельников. В мае 1922 г., после ареста патриарха Московского и всея России Тихона, при поддержке государственной власти было создано обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ). В начале июля того же года Новгородский митрополит Арсений (Стадницкий) был вызван в Москву, арестован и больше в епархию не возвращался. Перед отъездом митрополит Арсений (Стадницкий) поручил руководство епархией своему викарию, Крестецкому епископу Серафиму (Велицкому). Но уже в июле епископ Серафим (Велицкий) вместе с большей частью новгородского духовенства признал обновленческое ВЦУ. Однако осенью 1922 г. в Новгородской епархии началось «автокефальное движение» (в то время термин «автокефалия» использовался для обозначения независимости от обновленческого ВЦУ). Одним из центров сопротивления обновленцам стал Воскресенский монастырь во главе с Кириллом, который занимал по отношению к обновленчеству самую бескомпромиссную позицию. В какой-то период, по свидетельству обновленцев, Макариева пустынь оказалась «единственным очагом «тихоновщины» в Новгородской епархии…». К сожалению, нестроения возникли и в самой обители. Два иеромонаха Воскресенского монастыря, Митрофан и Клеопа, отказались подчиняться Кириллу, обвинив его в тайном пристрастии к обновленчеству на том основании, что когда-то он совершал литургии совместно с позднее уклонившимися в раскол иереями А.И. Боярским и Николаем Александровичем Сыренским. Поскольку в тот момент православные Новгородской епархии были лишены епархиального руководства, братия Воскресенского монастыря обратилась с просьбой совершить церковный суд к ближайшему православному архиерею – Петергофскому епископу Николаю (Ярушевичу; впоследствии митрополит), управлявшему тогда не признавшими обновленческого ВЦУ («автокефальными») приходами Петроградской епархии. Епископ Николай (Ярушевич) полностью оправдал Кирилла, а клеветников запретил в священнослужении. В конце 1922 г. Крестецкий епископ Серафим (Велицкий) вышел из подчинения ВЦУ и встал во главе «автокефальной» Новгородской епархии. В связи с обострением борьбы с обновленцами, поддержанными органами власти в организации репрессий против православного духовенства, весной 1923 г. были учреждены новые викарные кафедры. Кандидатами на поставление викарными епископами в Новгородской епархии стали наиболее видные борцы с обновленчеством – Кирилл и настоятель мужского монастыря Антония Римлянина в честь Рождества Пресвятой Богородицы архимандрит Иоанникий (Сперанский).