Епископ Серафим (Велицкий), находившийся под домашним арестом в Вяжищском во имя святителя Николая Чудотворца монастыре, поручил просить о помощи епископа Андрея (Ухтомского), ранее совершавшего тайные хиротонии для «автокефальной» Уфимской епархии (в мае 1923 г. епископ Андрей (Ухтомский) недолго находился на свободе в Москве после тюремного заключения и перед отправкой в ссылку). Получив обращение из Новгорода, епископ Андрей (Ухтомский) благословил прибывших в Москву для встречи с ним викарных архиереев Уфимской епархии Бирского епископа Трофима (Якобчука), бывшего насельника Макариевой пустыни, и Аскинского епископа Серафима (Трофимова) совершить просимые епископские хиротонии для Новгородской епархии. 3 июня 1923 г. прибывшие в Воскресенский монастырь епископы Трофим (Якобчук) и Серафим (Трофимов) с ведома и согласия управляющего Новгородской епархией Крестецкого епископа Серафима (Велицкого) совершили хиротонию Кирилла во епископа Макариевского или, по другим сведениям, во епископа Любанского (в Православной Энциклопедии в статье «Воскресения Господня мужской монастырь (Макариева пустынь)» было ошибочно указано, что хиротония Кирилла состоялась 4 апреля). 9 июня Кирилл вместе с епископом Трофимом совершил хиротонию архимандрита Иоанникия (Сперанского) во епископа Старорусского. В июле 1923 г., узнав об освобождении патриарха Тихона из-под ареста, Крестецкий епископ Серафим (Трофимов) направил ему рапорт о хиротонии Кирилла, которого характеризовал как «достойного и ревностного мужа, пользующегося уважением всего окрестного населения и всего мона[ше]ства, молитвенника и поборника за веру Христову» (Российский государственный исторический архив). Пребывая по-прежнему в Воскресенском монастыре, Кирилл продолжал вести энергичную борьбу с обновленчеством. В одном из своих обращений в Новгородский губисполком обновленцы просили гражданские власти «парализовать вредное действие, вносящее смуту в массы, епископов «тихоновских» Серафима [Велицкого], Кирилла [Васильева] и Иосифа [Николаевского]… Если их почему-либо нельзя удалить из Новгородской губернии, то желательно было бы их изолировать, чтобы они не могли влиять на тёмные массы» (Государственный архив Новгородской области). В начале июня 1924 г. в Воскресенский монастырь прибыла специальная комиссия сотрудников Новгородского губисполкома и губотдела ОГПУ. В результате обысков в обители была обнаружена «контрреволюционная антисоветская литература» в виде дореволюционных изданий «в основном монархического содержания», сочинений Иоанна Кронштадтского, воззваний патриарха Тихона, листы с молитвой «Державной Богородице»; были найдены скрытые от изъятия «церковные изделия из драгоценных металлов». Ревизия губернского земельного отдела показала, что организованная в официально упразднённом монастыре артель «Земля и труд» не была зарегистрирована в местных органах власти и не имела прав юридического лица. Она объединяла около 70 бывших монахов и послушников и была создана для сохранения монашеской обители. Всё руководство артельными делами осуществлял Кирилл, к сельским работам привлекались многочисленные богомольцы. 15 июля 1924 г. Кирилл был арестован вместе с группой иноков и заключён в новгородскую тюрьму. 28–30 января 1925 г. состоялись открытые заседания Новгородского губернского суда по делу насельников Макариевой пустыни. Кирилл был приговорён за «использование религиозных предрассудков масс в целях возбуждения против Соввласти» к пяти годам заключения (другие обвиняемые получили меньшие сроки). Отбывал срок в концлагере в Вологодской губернии.