Тем не менее, его пребывание в Кесарии Приморской вызвало протесты епископа Димитрия Александрийского, который заявлял о недопустимости для светского человека, каковым был Ориген, учительствовать в церкви. Вскоре Ориген вернулся в Александрию, но в последующие годы часто бывал в Кесарии Приморской. Около 230 г. Ориген был посвящён здесь в сан пресвитера, т.е. в это время он уже воспринимался палестинскими христианами и жителями города как «свой», хорошо знакомый и уважаемый человек. Рукоположение Оригена привело к скандалу в Александрии: епископ Димитрий заявил о неправомочности действий палестинских епископов. В 231 г. в Александрии был созван Собор, который отрешил Оригена от сана и отлучил его от церкви и фактически изгнал из христианской общины Александрии. Спустя некоторое время, при новом епископе Александрийском Ираклии, отлучение было снято, но Ориген, не желавший подчиняться вердиктам враждебно настроенных к нему египтян, был вынужден окончательно переселиться в Кесарии Приморской. Таким образом, с городом связан весь длительный период позднего творчества Оригена – 230–250 гг. Ещё в конце 220 гг. он начал свод толкований Священного Писания – «Гекзаплы». В Кесарии Приморской эта работа была завершена. В 230–240 гг. здесь же написал трактат «О молитве» и полемическое сочинение «Против Цельса». Ориген активно участвовал в жизни церкви Палестины, дважды присутствовал на Соборах в городе Бостра (или в самой Кесарии Приморской), где обсуждались вопросы смерти и бессмертия души. Влияние Оригена к середине III в. превратило общину Кесарии Приморской в крупный богословский центр ранней церкви. В Кесарии Приморской Ориген собрал обширную библиотеку, состоявшую из 30 тыс. книг, едва ли не самую большую в ранней церкви, вероятно, уступавшую только билиотеке христиан в Александрии. Вокруг Оригена сложилась группа образованной христианской молодёжи, впоследствии ставшая крупной катехизической и богословской школой. Учениками Оригена в Кесарии Приморской были епископ Неокесарийский Григорий Чудотворец, Фирмилиан, епископ Кесарии Каппадокийской (около 232 – 268 гг.), пресвитер Памфил, возглавивший школу и библиотеку после Оригена, а также философ-неоплатоник Порфирий из Тира, позднее выступавший с критикой христианского вероучения. В середине III в. появляются сведения о гонениях на христиан в Кесарии Приморской. Впервые, насколько исследователи могут судить по сохранившимся источникам, гонение здесь произошло в 235–238 гг., при императоре Максимине Фракийце. Ориген бежал из города в Каппадокию вместе с Фирмилианом, но пострадали многие его друзья и ученики, в том числе Амвросий, которому посвящено произведение Оригена «Призвание к мученичеству». В 250 г., во время гонения императора Деция, в тюрьме Кесарии Приморской оказался и сам Ориген. Он претерпел пытки, но от веры не отрёкся и через некоторое время был освобождён. Скорее всего, как полагают исследователи, его здоровье было подорвано заключением. В 253/254 г. он умер в возрасте 69 лет, как полагают исследователи, в Тире Финикийском, где до XIII в. в базилике Гроба Господня была известна его могила. Епископ Феоктист избежал гонений. В начале 250 гг. он присоединился к церковному большинству, осудившему движение новациан.