Н.П. Кондаков был выдающимся знатоком византийских источников, свидетельствующих о быте и культуре: ввёл в научный оборот огромное количество памятников, благодаря чему многие его труды востребованы исследователями и в XXI в. Первый историограф Н.П. Кондакова писал, что «приходится лишь поражаться, как одному человеку удалось произвести такую колоссальную работу, охватившую громадный материал». Фундаментальные труды Н.П. Кондакова стали уникальной историко-культурной и художественной энциклопедией. Н.П. Кондаков сформировал научную школу, отличавшуюся широтой, обоснованностью и точностью работ (некоторые из её представителей получили определение «фактопоклонники»). Его непосредственными учениками были историки искусства Дмитрий Власьевич Айналов, Егор Кузьмич Редин и Яков Иванович Смирнов. Серьёзную научную подготовку у Н.П. Кондакова прошли историки Михаил Иванович Ростовцев, Сергей Александрович Жебелев, Борис Александрович Тураев, историки искусства Владимир Константинович Мясоедов, Николай Львович Окунев, Леонид Антонович Мацулевич, Николай Петрович Сычёв, Андрей Николаевич Грабар. Учениками Н.П. Кондакова считали себя такие специалисты, как Василий Тимофеевич Георгиевский, Пётр Петрович Покрышкин, Фёдор Иванович Покровский, Эллис Ховелл Миннз. Большое влияние Н.П. Кондаков оказал на Николая Петровича Лихачёва, Владимира Константиновича Мальмберга, Григория Филимоновича Церетели, Бориса Владимировича Фармаковского, Алексея Андреевича Павловского, Александра Николаевича Щукарева, Г. Милле. Н.П. Кондаков стал «всеобщим учителем», повлиял на специалистов нескольких поколений на Родине. Близкие друзья и коллеги (помимо учеников) входили в так называемую Свободную академию, которая собиралась, главным образом, в санкт-петербургской квартире Н.П. Кондакова или на его даче в Ялте. Н.П. Кондаков был связан со многими выдающимися современниками, среди которых были Владимир Васильевич Стасов, Илья Ефимович Репин, Антон Павлович Чехов, Владимир Иванович Вернадский. На склоне лет Н.П. Кондаков успел воспитать новую плеяду учеников и объединить несколько зрелых исследователей, живших в Праге. В память о Н.П. Кондакове его ученики и последователи создали в Праге Seminarium Kondakovianum (с 1931 г. – Археологический институт имени Н.П. Кондакова) – единственное научное учреждение «русского рассеяния», которое снискало международное признание изданием трудов (в том числе авторов из СССР, которым трудно было публиковаться на Родине) и внесло свою лепту в развитие современного православного искусства в Европе. Выражением глубокой признательности Н.П. Кондакову стал перевод английским учёным Э.Х. Миннзом (считавшим себя его учеником) и издание в Оксфорде краткого варианта книги «Русская икона» (1927 г.). В начале 1925 г. рукопись «Иконография Богоматери» (том 3; посвящена образу Мадонны в западном искусстве), была приобретена Ватиканом, переведена на французский язык, но вышла в свет лишь в 2011 г. усилиями И. Фолетти (местонахождение оригинала исследователям неизвестно). В 1916 г. Н.П. Кондаков вошёл в узкий круг иностранцев, награждённых французским орденом Почётного легиона за вклад в науку, в 1924 г. к 80-летию был отмечен орденом «Grand officier» итальянской короны и болгарским орденом «За гражданские заслуги». Похоронен в крипте церкви Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище в Праге.