Объектами изучения Н.П. Кондакова были памятники на местах, в музеях, библиотеках, ризницах, частных коллекциях. Материалы, полученные в ходе экспедиций, были изданы в специальных монографиях (по Синаю, Константинополю, Афону, Сирии и Палестине). Публикации по результатам исследований неизменно обращали внимание научного сообщества и нередко воспринимались на уровне сенсации благодаря новаторским установкам и колоссальному количеству привлечённых памятников и систематизированных фактов. К концу 1880 гг. труды Н.П. Кондакова приобрели европейскую известность, в 1890 гг. учёный, уже тесно связанный с Академией Наук, стал ведущим специалистом в области восточно-христианского искусства среди российских исследователей, а западные учёные, занимавшиеся аналогичными темами, были вынуждены изучать русский язык, чтобы читать его работы. Обилие высококачественных иллюстраций (их изготовление требовало работы с фотографами и художниками во время экспедиций) придавало изданиям особое познавательное значение и отвечало научной методике описания памятников, внедряемой Н.П. Кондаковым. В санкт-петербургский период жизни в соавторстве с графом Иваном Ивановичем Толстым Н.П. Кондаков работал над созданием первой в России научно-популярной истории искусства от античности до монгольского завоевания («Русские древности в памятниках искусства». 1889–1899 гг.), переведённой на французский язык (1891–1893 гг.). С весны 1917 г. жил в Ялте и Одессе, в Новороссийском университете читал лекции по древнерусской иконописи, а также проводил домашние занятия по искусству Возрождения (среди слушателей – Андрей Николаевич Грабар, Николай Львович Окунев, Е.Н. Яценко и др.). Осенью 1917 г. приезжал в Москву для сбора материалов по русским кладам и иконописи, завершил работу над книгой «Русская икона». С октября 1919 г. по начало 1920 г. возглавлял вместе с Иваном Алексеевичем Буниным редакцию газеты «Южное слово», созданную командованием Добровольческой армии, вёл отдел иностранной политики. Негативно оценив общие установки большевиков, Н.П. Кондаков, в частности, понял, что изучение религиозного искусства не будет иметь перспектив, и он вряд ли сможет издать готовившиеся много лет труды («Русская икона» и «Иконография Богоматери», том 3). В последний момент, когда войска Красной армии входили в Одессу, Н.П. Кондаков всё же решился покинуть Родину. 8 февраля 1920 г. эмигрировал на пароходе в Константинополь, оттуда 25 февраля прибыл поездом в Софию, но был не в силах сразу выбрать страну дальнейшего проживания. После колебаний принял предложение стать профессором Софийского университета, читал там лекции по средневековому искусству и культуре Восточной Европы; изучал древности Болгарии, продолжал консультировать А.Н. Грабара. 26 марта 1922 г. по приглашению Карлова университета переехал в Прагу, в качестве профессора читал тот же, что и в Софии, курс лекций, а также лекции по истории античного быта и культуры, по проблемам орнамента. Проводил частные занятия с дочерью Президента ЧСР Алисой Масариковой и др., консультировал княгиню Наталью Григорьевну Яшвиль (урождённая Филипсон) и её дочь Татьяну Николаевну Яшвиль (Родзянко), писавших иконы и вышивавших хоругви для православных храмов; участвовал в обсуждении проекта церкви Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище в Праге; внёс свою лепту в работу съездов русских академических организаций за границей; предпринял поездку для изучения византийского креста на юге страны.