Некоторые его лекции посещали представители русской диаспоры, в том числе Георгий Владимирович Вернадский, Георгий Васильевич Флоровский, Пётр Николаевич Савицкий. Небольшая квартира Н.П. Кондакова была местом встреч для русских интеллектуалов и студентов (среди них были Николай Михайлович Беляев, Николай Петрович Толль, Владимир Николаевич Лосский, Юлия Николаевна Рейтлингер). В апреле 1924 г. Н.П. Кондаков выступил с докладом на первом Конгрессе византинистов в Бухаресте, последние статьи вышли в том же году. Однако научная работа в эмиграции была крайне затруднена из-за утраты архива, а также из-за того обстоятельства, что в библиотеках Софии и Праги отсутствовали многие необходимые книги. Благодаря дневнику исследователя исследователям известно, что он, как и прежде, упорно трудился до последнего дня. Служение науке являлось для Н.П. Кондакова нравственным и патриотическим долгом. Результатом такой позиции была высокая требовательность как к своим трудам, так и к трудам коллег. Н.П. Кондаков воспринимался многими как глава русской зарубежной гуманитарной науки. Его научные успехи стали моральной поддержкой не только для многих эмигрантов, но и для ряда учёных в России. По мнению исследователей, Н.П. Кондаков совершил переворот в науке, создав историю византийского искусства как научную дисциплину. Он первым предложил ставшую общепринятой и сохранившую актуальность периодизацию византийского искусства, дал характеристику наиболее важных особенностей каждого из периодов (кроме XIV–XV вв.). Исключительно много Н.П. Кондаков сделал для выяснения культурных связей внутри Византии (с Востоком и др.) и её обширного ареала (Закавказье, Балканы, Древняя Русь), определив отличительные черты, присущие каждой из культур. Также развил ранее высказанный тезис о преувеличении значения влияний Византии на древнерусское искусство, доказав, что «русское искусство есть оригинальный художественный тип, крупное историческое явление, сложившееся работою великорусского племени при содействии целого ряда иноплеменных и восточных народностей, вызванных этим племенем к государственной и художественной деятельности». По определению Сергея Александровича Жебелева, это был боевой клич русской археологии. Н.П. Кондаков выявил проблему генетического родства искусства Западной Европы, Византии и христианского Востока, прежде всего, применительно к прикладному искусству и архитектурной декорации. Совместно с Николаем Петровичем Лихачёвым создал теорию влияния итальянского искусства Возрождения на византийское и древнерусское изобразительное искусство (в первую очередь, в иконописи). Большой вклад Н.П. Кондаков внёс в разработку методико-методологических основ истории средневекового искусства, учитывавших его традиционный, канонический характер. Благодаря Н.П. Кондакову произошло становление научного подхода в изучении памятников искусства, где за основу взято не описание исследуемого объекта, а характеристика его главных черт. Он развил принцип типологической систематизации и анализ данных техники памятников прикладного искусства и археологии. Следуя заветам Ф.И. Буслаева, создал иконографический метод, соответствующий характеру средневекового искусства, включавший и традиционный в конце XIX – начале XX в. анализ стиля.