В 1882 г. за отличие по службе произведён в действительные статские советники. С 1888 г. – профессор кафедры теории и истории искусств Санкт-Петербургского  университета (до 1897 г.) и Высших женских курсов; старший хранитель отделения Средних веков и эпохи Возрождения Эрмитажа (до 1893 г.; впервые составил каталог этого фонда). Был членом многих комиссий, обществ и ассоциаций, ряда академий. Участвовал в работе Московского архитектурного общества (1867–1889 гг., с 1899 г.), особенно плодотворно – в деятельности Российского архитектурного общества (СПб; с 1886 г.), был штатным сотрудником Императорской Археологической комиссии (с 1876 г.), по заданию которой руководил раскопками в Северном Причерноморье, в том числе в Херсонесе. Участвовал в организации Русского археологического института в Константинополе (1895 г.), особенно деятельно – Комитета попечительства о русской иконописи (1901 г.), а также в трудах Комитета по созданию Музея изящных искусств (ныне Государственный музей изобразительных искусств имени А.С. Пушкина, 1900 г.), в создании экспозиции икон в Русском музее (открыта в 1914 г.), в устройстве иконного зала в Третьяковской  галерее (1905 г.), в работе Музея изящных искусств, в ряде реставрационных работ и охране памятников средневекового искусства (церковь Спаса на Нередице под Новгородом, соборов Московского Кремля и др.). Немало сделал для художественного образования (принимал участие в реформировании Академии Художеств и др.) и поддержки иконописных промыслов, в том числе занимался созданием специальных школ и изданием иконографических сводов памятников «Иконография Господа Бога и Спаса Нашего Иисуса Христа» (СПб., 1905 г.; осуществлены не все проекты: например, не завершён свод по иконографии Богоматери в русском искусстве). В разные годы консультировал членов императорской фамилии, в том числе по вопросам внешнего облика и внутреннего убранства возводимых ими храмов, по собиранию древнерусских икон и др. Научные заслуги Н.П. Кондакова и его деятельность имели высокое общественное признание, он был избран действительным или почётным членом, а также членом-корреспондентом множества российских и европейских научных учреждений, обществ и прочих объединений (более 70), среди них – Императорская Академия Художеств (1893 г.), Киевская духовная академия (1907 г.), Санкт-Петербургская духовная академия (1908 г.), Казанская духовная академия (1909 г.), Императорское Палестинское Православное общество (1908 г.), Чешская (1898 г.), Сербская (1901 г.) и Болгарская (1920 г.) Академии Наук, Одесское общество истории и древностей (1875 г.), Русское географическое общество (1899 г.), Русское собрание (1901 г.). Несмотря на слабое здоровье (туберкулёз), преодолевая препятствия, связанные в том числе с риском для жизни, Н.П. Кондаков совершил множество научных поездок и экспедиций по Северной и Центральной России, Северному Причерноморью, Закавказью, ряду зарубежных стран (Италия, Турция, Египет (в том числе Синай), Палестина, Сирия, Греция (в том числе Афон), Македония, Испания, Германия, Франция, Великобритания, Швейцария, Австрия, Швеция, Дания, Финляндия, Сербия, Чехия, Венгрия, Польша, Румыния).