24 января 1947 г. хор под управлением М.Е. Ковалевского пел на первом молитвенном собрании трёх христианских вероисповеданий: православных, католиков, лютеран; 8 марта 1947 г. – на панихиде во время перезахоронения на кладбище Сент-Женевьев-де-Буа русских, погибших во Франции в годы Второй мировой войны. В 1947 г. (в историографии также встречается 1937 г.) М.Е. Ковалевский был рукоположён во диакона. Вся последующая церковная деятельность М.Е. Ковалевского была связана с приходом западного православного обряда во имя священномученика Иринея Лионского, который, будучи возглавляем протоиереем Евграфом Ковалевским, в 1953 г. вместе с другими приходами западного обряда вышел из юрисдикции Московского патриархата. К 1950 г. относится создание музыкального цикла «Литургия согласно св. Герману Парижскому» (издано: «La Sainte Messe». 1973 г. и др.). По мнению исследователей, эти песнопения исполнялись в 1960 г. на литургиях по галликанскому обряду в церкви священномученика Иринея Лионского в Париже и в церкви во имя иконы Божьей Матери «Знамение» в Нью-Йорке (юрисдикция РПЦЗ). В то время ряд православных приходов западного обряда был принят под омофор РПЦЗ, где галликанский обряд нашёл поддержку архиепископа Брюссельского и Западноевропейского Иоанна (Максимовича). В начале 1960 гг. М.Е. Ковалевский принял участие в разработке православного репертуара на церковнославянском языке, став членом редколлегии и одним из редакторов первого тома «Нотного сборника православного русского церковного пения» (см. в ст. Издательства и издания духовно-музыкальные). Это издание, созданное с целью обеспечить качественным репертуаром русские православные церкви за границей и в СССР, финансировали Англиканская церковь и Русская православная церковь Московского патриархата. В нём были впервые опубликованы многие духовно-музыкальные сочинения М.Е. Ковалевского для литургии св. Иоанна Златоуста. В обработках православных распевов М.Е. Ковалевский предстаёт для исследователей как композитор, стилистически примыкающий к Новому направлению в русской церковной музыке (он с большим уважением относился к музыкальным идеям и творчеству Александра Дмитриевича Кастальского). Исследователи отмечают, что в отличие от многих сочинений Нового направления композиции М.Е. Ковалевского рассчитаны на небольшие церковные хоры, в них проявляется установка на «простоту» в использовании выразительных средств, на литургическую дисциплину и аскетичность наряду со стремлением к разнообразию литургико-музыкальных форм и гармонической вертикали. Из высказываний М.Е. Ковалевского исследователи сделали вывод, что он ценил живую устную традицию, тяготел к монастырским репертуару и стилю пения, для которого, по его мнению, характерна опора на церковные распевы, свобода голосоведения, импровизационность и вместе с тем отсутствие виртуозности, «фольклоризма». Как полагал М.Е. Ковалевский, музыка должна «успокоить чувственность и пробудить душу». Подобные идеи нашли отражение в творчестве как самого М.Е. Ковалевского, так и других авторов парижской музыкальной школы «литургического обновления», сформировавшейся после 1945 г. (к ней М.Е. Ковалевский причисляет Николая Николаевича Кедрова – младшего, Николая Михайловича и Сергея Михайловича Осоргиных и др.). М.Е. Ковалевский проявил себя как музыковед, публицист, музыкальный деятель. Наряду с Иваном Алексеевичем Гарднером он был наиболее авторитетным на Западе специалистом по русской церковной музыке, компетентным также в области литургики.