Н.И. Барсов обратил особое внимание на «нравственную сторону» труда В.О. Ключевского, отметив, что он «первым решился подвергнуть жития святых исторической и литературной критике», проанализировав множество их списков, «писанных в разное время, различными старинными почерками, со всевозможными ошибками малограмотных переписчиков». В магистерской диссертации В.О. Ключевский пришёл к выводу о подражательности русских агиографов литературным образцам, отражавшим общехристианские духовно-нравственные идеалы; сделал заключение, что взгляд авторов Житий «на описываемые лица и события оставался, в сущности, всегда одинаковым, и общественные перемены, совершившиеся в XV и XVI веках, отразились на агиобиографии в этом отношении очень слабо», и скептически оценил достоверность Житий как источников для изучения исторических событий и явлений. Впоследствии В.О. Ключевский изменил отношение к источниковедческой ценности агиографических памятников и использовал Жития при характеристике истории, экономики, культуры, быта и народного сознания средневековой Руси в последующих работах (прежде всего, в «Боярской думе Древней Руси» и в «Курсе русской истории»). Осознавая источниковедческую ценность Житий, содержащих массу бытовых подробностей, В.О. Ключевский отмечал, что «в житиях (представлена) жизнь, которой вы не найдёте в актах». Продолжая изучение историко-церковной проблематики, связанное с работой над магистерской диссертацией, В.О. Ключевский обратился к исследованию экономического освоения малонаселённых земель иноками русских обителей. В работе «Хозяйственная деятельность Соловецкого монастыря в Беломорском крае» (М., 1867 г.), написанной на основе анализа грамот монастыря, писцовых книг и Житий святых (прежде всего, Жития преподобных Зосимы и Савватия Соловецких), он рассматривал особенности освоения соловецкими иноками Русского Севера, дав сжатый очерк его социально-экономического развития в XV–XVII вв. В работе «Содействие Церкви успехам русского гражданского права и порядка» В.О. Ключевский дал обзор истории взаимоотношений церкви, общества и государства в России. Особое внимание уделил воспитательной роли Русской церкви. Оценивая её деятельность в целом, В.О. Ключевский отметил направленность на то, чтобы «сделать гражданский закон проводником нравственного начала, построить гражданский союз, в котором закон опирался бы на нравственное чувство и даже им заменялся, наконец, настроить личную волю к отречению от своих законных прав во имя нравственного чувства» («Православие в России». 2000 г.). В обстоятельной рецензии на труд Владимира Степановича Иконникова «Исследование о главных направлениях в науке русской истории в связи с ходом образованности» В.О. Ключевский затронул ряд вопросов истории церковной и культурной жизни на Руси в связи с византийским влиянием (последнее, по замечанию В.О. Ключевского, составляет «едва ли не половину истории религиозно-нравственного и умственного развития Древней Руси»). В.О. Ключевский пришёл к выводу, что это влияние при всей его значимости не стоит переоценивать (в частности, такой феномен в истории Русской церкви, как монастырская колонизация, явно имел русское происхождение).