С именем В.О. Ключевского исследователи связывают сложившуюся в Московском университете в конце XIX – начале ХХ вв. историческую школу, в которую входили, в первую очередь, его ученики: Павле Николаевич Милюков, Михаил Михайлович Богословский, Александр Александрович Кизеветтер, Матвей Кузьмич Любавский, Николай Александрович Рожков, Михаил Николаевич Покровский, Борис Иванович Сыромятников, Юрий Владимирович Готье, Алексей Иванович Яковлев, Владимир Иванович Пичета, Сергей Владимирович Бахрушин, Яков Лазаревич Барсков и др. В.О. Ключевский также оказал значительное влияние на становление Сергея Константиновича Богоявленского, Георгия Владимировича Вернадского, Михаила Александровича Дьяконова, Сергея Фёдоровича Платонова и др. Ученики В.О. Ключевского развивали научные направления, заложенные в трудах учителя: историческую географию и историю колонизации (М.К. Любавский, Ю.В. Готье), деятельность органов государственной власти (М.К. Любавский, А.А. Кизеветтер, М.М. Богословский и др.), историографию (П.Н. Милюков, А.А. Кизеветтер, М.Н. Покровский), историю русской культуры (П.Н. Милюков), социально-экономические отношения (А.А. Кизеветтер, Н.А. Рожков, М.Н. Покровский, М.М. Богословский, Ю.В. Готье) и др. Историк церкви Сергей Иванович Смирнов продолжил начатое В.О. Ключевским источниковедческое изучение древнерусских Житий (ему также принадлежит обзор трудов В.О. Ключевского по русской агиографии). Идеи В.О. Ключевского оказывали значительное влияние на историков и в советский период, в частности, представление В.О. Ключевского о Руси «городовой» и «торговой» (М.Н. Покровский, Игорь Яковлевич Фроянов и др.), а также отдельные оценки В.О. Ключевского царствования Ивана IV Васильевича Грозного (Степан Борисович Веселовский, Владимир Борисович Кобрин и др.) и т.д. В.О. Ключевский уделил значительное внимание изучению различных аспектов церковной истории. Согласно подсчётам Сергея Алексеевича Голубцова, этим проблемам он посвятил больше двадцати публикаций. Начало изучению церковной проблематики было положено В.О. Ключевским в магистерской диссертации «Древнерусские жития святых как исторический источник». По мнению исследователей, работа задумывалась ещё в период написания сочинения «Сказания иностранцев…», в котором В.О. Ключевский уже привлекал памятники агиографии (в частности, Житие Стефана Пермского). В магистерской диссертации, желая расширить круг источников по истории освоения Северо-Восточной Руси, он обратился к Житиям русских средневековых святых, которые нередко были основателями обителей и организаторами крупных монастырских хозяйств. В.О. Ключевский проанализировал около 250 редакций жизнеописаний 166 русских святых (Леонтия Ростовского, Петра, Алексея и Ионы Московских, св. князя Александра Ярославича Невского, Сергия Радонежского и др.), всего было исследовано около 5 тыс. списков Житий святых. В.О. Ключевский разработал методику критики этих текстов, установил время и место составления как памятников, так и их списков, рассмотрел вопросы об их авторстве и источниках. Достоинства работы были отмечены его официальными оппонентами С.М. Соловьёвым и Нилом Александровичем Поповым, а также присутствовавшими на защите Ф.И. Буслаевым, Н.С. Тихонравовым, Н.И. Барсовым и др.