С другой стороны, исследования А.И. Клибанова по истории религиозного сектантства показывают, что, не будучи порождением старообрядчества, сектантство имело точки соприкосновения с ним, а внутри староверия складывались, по сути, протестантские толки, например, бегуны и беспоповцы, у которых А.И. Клибанов отмечал определённое сходство с баптистами и меннонитами. А.И. Клибанов открыл новое направление в изучении русской духовной культуры – народную социальную утопию, которой посвятил монументальное исследование («Народная социальная утопия в России». 1977, 1978 гг., две книги). В монографии речь идёт об идеалах справедливости (притча о Правде и Кривде, легенда о царе-избавителе), о социальных идеалах русских мыслителей XVI в. – Фёдора Ивановича Карпова, преподобного Максима Грека, Ермолая (Еразма), Ивана Семёновича Пересветова, Феодосия Косого, о социально-утопических представлениях участников крестьянских войн и их современников (Квирин Кульман, Евфимий), наконец, об утопических проектах и попытках их реализации в массовых народных движениях антифеодального и антицерковного протеста в XIX в. А.И. Клибанову удалось приоткрыть завесу над упованиями тех слоёв общества, которые, по выражению Арона Яковлевича Гуревича, для историка часто представляют собой «безмолвствующее большинство». А.И. Клибанов показал, что крестьянство, хотя и редко, но доходило не только до вербализации своих социальных чаяний, тесно связанных с христианством, но и до попыток воплотить их в жизнь (общества Н. Попова «Любовь братства», М.А. Попова «Общее упование», Т. Бондарева «Единодушная и единосердечная артель» и др.). При этом А.И. Клибанов обращает особое внимание на понимание «веры» и «правды» в процессе изменения народного сознания; показывает, что все социальные искания русского народа были сопряжены с его религиозными исканиями, народные социальные утопии тесно смыкаются с «крестьянским протестантизмом» XVII–XIX вв. Это обстоятельство помогает лучше понять, в чём состояла народность не только художественных, но и идейных поисков Льва Николаевича Толстого, чьё имя часто фигурирует в книгах А.И. Клибанова. Особая тема творчества А.И. Клибанова, внешне, казалось бы, выпадающая из общей канвы его исследований, – «декабризм» и декабристы. Началом её разработки послужило обнаружение в архиве Красноярского государственного краевого музея переписки ряда осуждённых декабристов (Ивана Ивановича Пущина, Николая Александровича Бестужева, Александра Ивановича Якубовича, Александра Николаевича Сутгофа, Василия Львовича Давыдова и др.) с жандармским полковником Яковом Дмитриевичем Казимирским, который стал другом ссыльных дворянских революционеров. Сам по себе факт переписки знаменателен и помогает лучше понять не только судьбу декабристов, но и характер русского общества первой половины XIX в. А.И. Клибанов был награждён премией имени Бориса Дмитриевича Грекова Президиума Академии Наук СССР (1980 г.) за монографию «Народная социальная утопия в России», Государственной премией СССР в области науки и техники «за цикл работ по истории религии и русского народного свободомыслия XIV–XIX вв., опубликованных в 1960–1978 гг.» (1983 г.). Книги А.И. Клибанова переведены на английский, немецкий, итальянский, китайский, японский и другие языки.