А.И. Клибанов попытался показать, что антицерковные движения XIV–XVI вв. – аналог современным им «городским ересям» и реформационным движениям Западной Европы. До А.И. Клибанова историю русских еретических движений начинали с ереси стригольников. Он же относит зарождение религиозного вольнодумства на Руси к рубежу XIII и XIV вв., когда среди мирян и низшего духовенства распространились стихийные антицерковные настроения, порождённые авторитарностью и симонией в церкви. Во второй половине XIV в. этот ещё не вполне оформленный антицерковный протест перерос в открытую ересь – стригольничество, а в последней трети XV – начале XVI вв. – в ересь жидовствующих. А.И. Клибанов тщательно проанализировал глоссы, оставленные на полях книг писца Ивана Чёрного; ввёл в научный оборот важный для истории еретических взглядов трактат «Написание о грамоте», находящийся в тесной связи с заново истолкованным А.И. Клибановым «Лаодикийским посланием» Фёдора Васильевича Курицына (А.И. Клибанов также подготовил издание выявленных им источников: Источники по истории новгородско-московской ереси конца XV – начала XVI вв.; Приписка Ивана Чёрного к «Еллинскому летописцу»; Пермские глоссы. Сочинение против монашества). Главное отличие русских ересей от европейских А.И. Клибанов видел в том, что на Западе реформационные и ренессансные течения были противопоставлены друг другу, в то время как в России происходило их взаимовлияние и взаимопроникновение. Тематика равенства вер и народов, «самовластия души» прослеживается в разных проявлениях на протяжении всего повествования. А.И. Клибанов рассматривает взгляды не только обвиняемых в ереси Матвея Башкина, Вассиана (Патриеева), Феодосия Косого, но и православных писателей: Иосифа Волоцкого, Новгородского архиепископа Геннадия (Гонзова), преподобного Нила Сорского и др. К характеристике взглядов многих из них он вернулся в своей последней книге – «Духовная культура средневековой Руси» (1994, 1996 гг.), в которой центральное место занимает изучение феномена православной святости. А.И. Клибанов заострил внимание на специфике взаимодействия русской культуры с античным культурным наследием. Это взаимодействие было опосредовано византийской патристикой. Значение патристики как транслятора античных ценностей в русскую культуру долгое время недооценивалось. Тем более не ставился вопрос, в какой степени восточно-христианский базис русской духовной культуры предопределил её типологические отличия от латинской культуры. А.И. Клибанов обратил внимание на существование параллели между идеей итальянских гуманистов о свободе воли, провозглашённой, в частности, Джованни Пико делла Мирандолой в «Речи о достоинстве человека», и положениями византийской патристики, например, сочинениями Феофила Антиохийского, что, по мнению исследователя, говорило не только о традиционно-христианских корнях гуманистической идеологии, но и о том, что, будучи новыми для латинско-католической традиции, подобные идеи не вступали в противоречие с православным идеологическим и религиозно-философским каноном.