Такой подход позволил А.И. Клибанову показать, что, во-первых, византийско-православная религиозно-философская традиция стала источником развития гуманистической мысли в восточнославянском мире, во-вторых, эта традиция, усвоенная постепенно восточнославянским православием, привносила своеобразие в реформационные тенденции в отечественной культуре и религиозно-общественной борьбе. Введение истории русской духовной культуры Средневековья и раннего Нового времени в контекст общеевропейских культурно-религиозных процессов нашло оппонентов в лице как некоторых зарубежных историков (например, Э. Хёша , 1975 г.), так и советских учёных (среди участников дискуссии о степени приобщённости России к гуманизму и Реформации, о концепции русского Предвозрождения). Тем не менее, новый взгляд на религиозно-общественные движения допетровской России, предложенный А.И. Клибановым, помог глубже понять историю русской духовной культуры в соотнесении её с общемировым развитием. Цикл исследований А.И. Клибанова посвящён русскому сектантству. Его интересовала не только дореволюционная история существовавших в России сект, но и проблематика сектанства в СССР, в том числе в современный период (в 1959–1961 гг. А.И. Клибанов руководил научной экспедицией по изучению религиозной жизни в Пензенской, Тамбовской, Липецкой и Воронежской областях; полный анализ результатов полевого исследования экспедиции опубликовать не смог, поскольку они не удовлетворили партийное руководство). Особое внимание А.И. Клибанов уделял изучению социально-психологических корней сектантства; это позволило сделать вывод, что истоки веры сектантов гораздо глубже, чем обычно предполагалось советской наукой. Работы А.И. Клибанова показывали, насколько сложен комплекс религиозных представлений, и тем самым разрушали мнение властей о том, что преодолеть «религиозное отчуждение» можно при помощи пропагандистско-административного нажима. Поскольку религиозная Реформация XVI в. была представлена у восточнославянских народов довольно ограниченно, то сектантские движения второй половины XVII – XIX вв., внимательно изученные А.И. Клибановым (христовщина, духовное христианство, молоканство, духоборчество, штундизм, баптизм и др.), трактуются исследователем как «второе издание» реформационных движений в России. А.И. Клибанов не только дал анализ их учений, социальной базы и исторической роли, в частности, роли «обводного канала» капиталистического развития, но и выстроил генеалогию этих движений, показав некоторые общие закономерности их эволюции. Характеризуя старообрядчество, А.И. Клибанов подчёркивал, что раскол XVII в. носил, прежде всего, религиозный, а не только социально-экономический характер, как пытались представить советские исследователи. Однако приверженность старообрядцев к внешней стороне религии, их готовность «умереть за аз» не исчерпывают всего духовного содержания движения. А.И. Клибанов считал возможным говорить о паулинистских мотивах в проповеди раннего староверия, а такие мотивы, как известно, были одной из составляющих реформационной проповеди в Европе.