Иконы XIX – начала XX вв. изучены учёными в меньшей степени. Курдиновский описал несколько икон в церкви из Аккермана (Четатя-Албэ, ныне Белгород-Днестровский), которые он относил ко времени раньше ХVI в.; лаконичны сведения об иконах в статьях Ш. Чобану, Берекета, Константинеску-Яшя и др. Большая часть памятников утрачена в советский период, когда были закрыты и разграблены большинство монастырей и церквей. Единственная икона из Восточной Молдавии, несомненно, созданная в XVI в., – «Богоматерь Одигитрия» (Национальный художественный музей Молдовы, Кишинёв), большого размера, написанная под влиянием критских икон XV–XVI вв. Иконостасы появились в Молдавии в конце XVI в. (монастырь Хумор) и окончательно сформировались в XVII в. в виде комплекса икон из пяти регистров (иконостасы церкви великомученика Георгия в Яссах, храмов в монастырях Воронец и Молдовица). Один из самых старых сохранившихся в Республике Молдова – иконостас 1791 г. в соборе во имя святителя Николая, архиепископа Мирликийского, в городе Бэлць (Бельцы). В XVI–XIX вв. на территории современной Республики Молдова существовало два вида икон – монастырские и народные. Народные иконы были распространены, в основном, в сельской местности, они не соответствовали церковным канонам и требованиям, соблюдаемым профессиональными иконописцами. Самые ранние известные народные иконы исследователи относят к XVI в., например, «Богоматерь с пророками» из монастыря Пынгэраци (XVI в., Национальный художественный музей Румынии) – асимметричный рисунок ликов Пресвятой Богородицы и фигур пророков не встречается в средневековой иконографии. В более традиционной манере написана икона «Богоматерь Одигитрия» из Вэлени (XVI–XVII вв., Румыния) с изображениями двух ангелов симметрично по обе стороны Пресвятой Богородицы с Младенцем на руках. Многочисленны народные иконы XVII в., например, «Благовещение» (апокрифическое) из старой церкви в селе Тырнова (Национальный художественный музей Молдовы), неоднократно переписанная и частично очищенная от поздних наслоений икона, которая написана на грубо вытесанной топором доске; парные иконы из села Петрушены – «Христос Пантократор» и «Богоматерь с Младенцем» (XVII в., Национальный художественный музей Молдовы, Кишинёв). В XVII в. наблюдается тенденция к обновлению сюжетов: «Христос Пантократор» из села Ротунда, цикл праздничных икон, написанных для монастыря Кэприана, например, «Рождество Богоматери», «Крещение», «Вход Господень в Иерусалим» и «Тайная вечеря» (Национальный художественный музей Молдовы, Кишинёв). Исследователи отмечают, что для народных икон XIX в. характерно разнообразие сюжетов, стилистических приёмов; чрезвычайно распространены изображения святителя Николая, архиепископа Мирликийского, Марии Магдалины, Христа Доброго Пастыря, св. Иакова, великомученика Георгия, мученика Иоанна Воина, великомученицы Варвары.