В конце 1230 гг. Кирилл III отстроил и превратил в свою новую резиденцию церковь св. Михаила на острове Рода на Ниле, однако в 1241 г. султан ас-Салих Наджм ад-Дин Айюб приказал её разрушить, чтобы освободить пространство под расширение собственной резиденции. Тогда Кирилл III переселился на другой берег Нила, в Дейр-эш-Шама в Гизе, где и скончался. Мусульманские власти потребовали от родственников патриарха выдать всё его имущество. В тайнике под полом церкви были найдены большие суммы денег, церковные сосуды, десятки комплектов богатых облачений и, как особо отметили хронисты, множество ящиков с испортившимися сладостями и окаменевшими финиками. Правление Кирилла III и предшествовавший период междупатриаршества подробно описаны современником архонтом Юханной ибн Вахбом ибн Яхьей ибн Булусом (некоторые отрывки, по мнению исследователей, принадлежат Юсабу, епископу Фувы); этот текст в редакции шейха Алам аль-Мулька ибн аль-Хаджжа Шамс ар-Риясы был включён в состав «Истории Александрийских патриархов». Хотя Юханна ибн Вахб был близким другом патриарха и старался по мере сил оправдать его поступки, в целом Кирилл III изображён довольно одиозной фигурой. Современная коптская историография относится к Кириллу III критически. Некоторые исследователи отмечают несоответствие между образом патриарха в литературе и в его сохранившихся посланиях, где он предстаёт способным и волевым администратором. Литературное наследие Кирилла III помимо трактата «Книга исповедания», известного также как «Книга учителя и ученика», включает сборник литургических указаний (немецкий перевод издан Г. Графом в 1924 г.) и ряд текстов церковно-административного характера, сохранившихся в составе коптских канонических собраний. Кроме упомянутых выше грамот, адресованных эфиопскому царю и сиро-яковитскому патриарху Игнатию III, исследователям известно письмо насельникам монастыря св. Антония (около 1238 – 1243 гг.), в котором Кирилл III в достаточно жёсткой форме наставляет монахов в необходимости строгого благочестия, поддержания дисциплины и повиновения духовным властям. Кириллу III также приписывают анонимное послание о духовном окормлении новообращённых христиан. В средневековом Египте наряду с процессом исламизации немусульманских общин имели место и редкие примеры обращения в христианство как бывших христиан, принявших ислам, так и мусульман. Подобное отступничество от ислама в случае разоблачения каралось смертью, поэтому послание написано в нарочито туманной и иносказательной манере во избежание осложнений для автора и адресатов. Согласно каталогу арабо-христианской литературы, содержащемуся в седьмой главе сочинения «Светильник во тьме» коптского писателя Абу-ль-Бараката (ум. в 1324 г.), существовало описание диспута Кирилла III с мусульманами в присутствии султана аль-Малика аль-Камиля, в котором также участвовал Булус аль-Буши. Известная исследователям в эфиопском переводе под именем «святого Кирилла, патриарха Александрийского» анафора, согласно одной из рукописей, принадлежит Кириллу III. Хотя патриаршество Кирилла III, по общему мнению историков, представляет собой самый скандальный эпизод коптской церковной истории, это же время считают эпохой расцвета культуры христианского Египта. Исследователи называют XIII в. «коптским ренессансом» и «золотым веком» копто-арабской литературы. Среди архиереев, в разное время рукоположённых Кириллом III, исследователи упоминают автора грамматики и словаря коптского языка Юханну, епископу Саманнуда, и одного из крупнейших проповедников и богословов Коптской церкви Булуса аль-Буши. Современниками Кирилла III были братья аль-Ассали, составившие базовые для копто-арабской литературы труды канонического, апологетического, полемического и филологического характера. Коптское изобразительное искусство этого периода представлено росписями монастыря Сирийцев (Дейр-эс-Суриан) и монастыря св. Антония. В 1232–1233 гг. мастер Феодор украсил придел св. Антония фресками, на которых изображены апостол Марк и наиболее почитаемые в Египте мученики и пустынники; этот цикл исследователи считают утверждением коптской идентичности.