Апогеем бедствий египетских христиан стало разрушение в 1219 г. церкви св. Марка в пригороде Александрии из опасения, что крестоносцы в случае нападения на город могут превратить церковь в свой опорный пункт. Уничтожение церкви, которая в прошлом была кафедральным собором коптских патриархов и оставалась сакральным символом египетского христианства, стало тяжёлым потрясением для коптской общины. В последующие годы вопрос о замещении патриаршего престола периодически поднимался вновь, но всякий раз оставался без разрешения. Так, эта тема обсуждалась в 1228 г., во время посещения султаном аль-Маликом аль-Камилем (1218–1238 гг.) монастыря св. Макария (Дейр-Абу-Макар). По просьбе братии султан даровал монастырю ряд налоговых и имущественных льгот, а также подтвердил право обители наследовать имущество своих монахов. Подобное участие мусульманского правителя в разрешении внутрихристианских юридических проблем было беспрецедентным и объяснялось только отсутствием патриаршей власти. Период междупатриаршества в Коптской церкви затянулся на 19 лет, в течение которых Давуд аль-Файюми пребывал в монастыре св. Филофея. Информация о нём, относящаяся к этому времени, содержится только в колофоне рукописи 1227 г. сочинений сиро-яковитского философа X в. Яхьи ибн Ади. В нём сообщается, что сверка рукописи с оригиналом была проведена при содействии священника Анбы Давуда, который, согласно другой приписке, впоследствии был возведён на патриаршество. Исследователи полагают, что именно в эти годы Давуд составил дидактическое сочинение «Книга исповедания», в работе над которым ему помогали богословы Булус аль-Буши и аль-Асад ибн аль-Ассаль (см. в ст. Ассалиды). По традиции, существовавшей в Коптской церкви, только патриарх мог рукополагать новых епископов. Длительная вакансия патриаршего престола привела к резкому сокращению числа архиереев (к середине 1230 гг. в живых осталось четыре или пять епископов) и соответственно низшего клира. В сложившейся ситуации возведение Давуда на патриаршество уже не встретило серьёзного сопротивления. Монах Имад аль-Ахмими, действуя по собственной инициативе, без консультаций с епископами и архонтами, добился от султана аль-Малика аль-Камиля согласия на это поставление за уплату 3 тыс. динаров. 17 июня 1235 г. два епископа провели хиротонию Давуда, принявшего имя Кирилл III, в церкви Спасителя в Александрии. Оттуда Кирилл III отправился в Вади-эн-Натрун и далее в Каир. Он совершал многочисленные рукоположения епископов, священников и диаконов; за первый год патриаршества хиротонисал сорок архиереев. В ряду прочих Кирилл III рукоположил епископа в Иерусалим для духовного окормления коптской общины Палестины (политические потрясения и экономические проблемы в Египте конца XII – начала XIII вв. привели к переселению значительного числа коптов в сиро-палестинские владения Айюбидов). Это назначение вызвало резкий протест сиро-яковитского патриарха Игнатия III (1222–1252 гг.), в чьей церковной юрисдикции находилась Святая земля. Отношения иерархов были нормализованы после ответного послания Кирилла III (точная дата исследователям неизвестна), где он очертил границы полномочий своего ставленника. Историки рассматривают учреждение кафедры коптского епископа Иерусалима как проявление политических амбиций Кирилла III, стремившегося расширить сферу своего влияния за пределы Египта и позиционировать себя в качестве «старшего брата» среди предстоятелей монофизитских церквей. Подобные тенденции отражает и письмо патриарха эфиопскому царю (1235 г.), где он в весьма категоричной форме даёт наставления по вопросам церковно-государственной политики и правосудия.