Довольно скоро действия Кирилла III стали вызывать жёсткую критику в коптских церковных и светских кругах. Главной причиной недовольства стало возрождение патриархом симонии. Были введены расценки на рукоположение диакона (три динара), священника (пять динаров) и епископа (от 50 до 200 динаров). Платежи осуществлялись кандидатами на поставление через племянников патриарха. Суммы выплат могли колебаться в ту или иную сторону в зависимости от отношения патриарха к возводимому в сан. Кирилл III оправдывал эти поборы необходимостью уплаты султану обещанной суммы в 3 тыс. динаров. На Страстной неделе 1236 г. произошёл конфликт Кирилла III с братией монастыря св. Макария. Патриарх, прибывший в обитель с 20 епископами для приготовления св. мира, распорядился провести инвентаризацию священных сосудов. Насельники решили, что патриарх намеревается продать их для покрытия своих долгов. Толпа разгневанных монахов ворвалась в церковь во время освящения мира, перебила светильники и разлила масло по полу. С большим трудом конфликт был улажен. Не обладая политическим тактом, Кирилл III оттолкнул от себя многих сторонников; в их числе были Ниш аль-Хилафа, монах Имад аль-Ахмими, который стал в конце 1230 гг. главным оппонентом Кирилла III, призывал к его свержению, и патриарший секретарь аль-Асад Абу-ль-Карам, который после ссоры с Кириллом III предал огласке его доходы, составившие 9200 динаров, т.е. намного больше, чем патриарх должен был уплатить в султанскую казну. Несколько авторитетных коптских церковных деятелей (монах Бутрус, отозванный султаном из монастыря св. Антония на государственную службу, Юсаб, епископ Фувы, и др.) выступили с программой канонических реформ, предусматривавших запрет на симонию и введение чётких правил использования церковных доходов. В сентябре 1238 г. в Каире прошёл Собор 14 епископов, принявший серию соответствующих канонических постановлений. Кирилл III игнорировал эти решения. Призывы к его низложению звучали всё громче. Даже мусульманские власти были озабочены смутой в Коптской церкви. В 1240 г. прошло несколько слушаний по проблемам церковных нестроений в присутствии везира, коптских иерархов и мусульманских правоведов. Помимо симонии Кириллу III инкриминировали и другие неправомерные действия, в частности, контакты коптского епископа Иерусалима с католиками, ставшие возможными, как считалось, с санкции патриарха. Особое недовольство епископата вызвало решение Кирилла III вывести все монастыри из юрисдикции епархиальных архиереев и подчинить их себе, в чём видели ещё одно проявление его стяжательских наклонностей. В результате этих разбирательств, сильно испортивших репутацию коптской общины в глазах мусульманских властей, была утверждена программа реформ и избраны два епископа (в том числе Булус аль-Буши, возведённый на кафедру Мисра), уполномоченные контролировать действия патриарха. Ведущему коптскому правоведу ас-Сафи ибн аль-Ассалю было поручено упорядочить свод церковных законоположений. Этот труд, получивший название «Сборник ас-Сафи», до настоящего времени лежит в основе канонического устройства Коптской и Эфиопской церквей. Нарастающая враждебность коптской общины к Кириллу III усугублялась изменением религиозной политики мусульманских властей. После смерти султана аль-Камиля, благосклонного к христианам, в Египте были восстановлены дискриминационные меры в отношении внешнего вида зиммиев (1239 г.). Постройки, примыкавшие к патриаршей церкви Эль-Муаллака в Фустате, стали объектом судебных исков со стороны соседней мечети. В 1240 г. в ходе разбирательств мечеть была временно закрыта властями, что вызвало общественное недовольство и нападение толпы мусульман на Эль-Муаллаку. Церковь была разграблена, богослужения в ней надолго прекратились.