Несколько лет храм пустовал, в 1932–1934 гг. был взорван. Одновременно с Сергиевской церковью разрушили часовню преподобного Сергия, дом причта, где с 1923 г. находилась школа второй ступени, и значительную часть монастырской стены. Всехсвятский храм с 1923 г. и до конца ноября 1929 г. арендовала каноническая тихоновская община верующих. Первоначально в ней числилось 779 прихожан. Община пыталась предотвратить закрытие церкви, направляя жалобы в различные инстанции и посылая ходоков в Москву. Служба в храме продолжалась до февраля 1930 г. Вскоре Киржачское ОГПУ арестовало священнослужителей и наиболее активных членов церковного совета. Они были осуждены за антисоветскую деятельность, а храм был закрыт. Опустевшее здание Киржачский горсовет намеревался разрушить и продать «на щебень» конторе «Ивстрой». Но, не получив разрешения областного руководства, в церкви устроили общественную столовую. С колокольни были сняты колокола. К 1936 г. храм был переоборудован под пекарню местной потребкооперации. Хлебокомбинат просуществовал до 1990 гг. Братский корпус, служивший церковной сторожкой, с 1923 по 1927 гг. находился в ведении музея. Верхний этаж использовался под библиотеку, часть помещения занимал сторож Всехсвятской церкви, который за жилплощадь и покос на территории музея охранял и музей. С 1927 г. нижний этаж стал сдаваться внаём квартирантам. Здания, остававшиеся без ремонта больше 30 лет, ветшали и разрушались. В начале 1960 гг. было принято решение о реставрации фасадов Благовещенского собора и Спасской церкви. Работы проводились в 1963–1964 гг. владимирскими реставраторами под руководством архитектора Игоря Александровича Столетова. Внутри зданий помещения только побелили. Двадцать лет храмы оставались бесхозными. В 1983 г. городские власти приняли решение об использовании памятников под общественные нужды. В Благовещенском соборе планировалось открыть музей; на первом этаже Спасской церкви – молодёжный клуб, на втором – установить игровые автоматы; в западной части галереи собора – обустроить киоски для продажи сувениров и напитков. В защиту памятников архитектуры выступила общественность города. После серии статей в прессе храмы были переданы РПЦ. 1 июля 1990 г., в день празднования Боголюбской иконы Божьей Матери, в Спасском храме священник Стефан Бензюк отслужил Божественную литургию.