По благословению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия (Смирнова; с 2013 г. – митрополит) от 4 июля 1995 г. решением Синода от 27 декабря 1996 г. на территории Киржачского монастыря был учреждён женский монастырь, старшей сестрой (позднее настоятельница) назначена инокиня александровского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Фотина (Сташевская). 15 июля 1995 г., в день празднования Положения честной ризы Пресвятогй Богородицы, монастырский священник Андрей Зацепин совершил первое всенощное бдение в храме Всемилостивого Спаса; на клиросе пели инокиня Фотина и послушница Ирина Лушина (в постриге Магдалина; впоследствии настоятельница восстанавливаемого Хмелёвского в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих радость» женского монастыря в Киржачском районе Владимирской области). 19 июля, в день празднования Собору Радонежских святых, Киржачский монастырь посетил правящий архиерей и совершил совместную с сёстрами молитву. 11 августа 1995 г. при большом стечении горожан и гостей состоялись архиерейское богослужение, посвящённое Роману Киржачскому, и крестный ход. В тот же день архиепископ Евлогий (Смирнов), духовенство и настоятельница встретились с главой администрации города и руководителями местных предприятий и сообщили об открытии женского монастыря. 31 марта 1996 г. состоялся первый монашеский постриг: старшая сестра Фотина была наречена в честь Марии Египетской. До 24 декабря 2010 г. она возглавляла Киржачский монастырь, с 22 марта 2011 г. – игуменья Феодора (Трубач). К 2014 г. в обители проживало около 30 сестёр. 12 июля 1996 г. по благословению архиепископа Евлогия (Смирнова) группа археологов начала раскопки в усыпальнице Благовещенского собора, на месте погребения Романа Киржачского. 24 ноября состоялось открытие мощей преподобного Романа. По благословению архиепископа Евлогия (Смирнова) храм-усыпальницу преподобного Романа обустроили в соборном приделе во имя равноапостольных Константина и Елены. 23–25 ноября 1997 г. в присутствии Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия (Смирнова) и большого количества верующих прошли церковные торжества, посвящённые прославлению мощей преподобного Романа: освящён храм-усыпальница преподобного Романа и состоялся общегородской крестный ход к Никольской церкви в Заболотье. Монастырю передано здание Всехсвятского храма, самого большого в городе. Весной 2001 г. на колокольне была восстановлена медная глава с позолоченным крестом.