Дифференцируя пропорции арок в интерьере (более низкие и широкие в западной и более высокие и узкие в восточной части) и их очертания (полуциркульные на западе и заострённые на востоке), зодчий придал различный вид западной и восточной частям церкви. Двухступенчатый цоколь подчёркивает устремлённость храма вверх. В древности купол кафоликона, по мнению исследователей, был покрыт обливной черепицей. Крест в плане выявлен снаружи повышенными центральными объёмами каждой из его ветвей. Одинаково решены трёхчастные северный и южный фасады: центральная часть выше боковых, она освещена тремя окнами (одним в верхней части и двумя в нижней) и увенчана двускатной кровлей. В позднее Средневековье из тёсаного камня к зданию с севера и с юга были пристроены притворы, перекрытые двускатными кровлями; в южном притворе длиннее восточная часть, в северном – западная. Наиболее полно сохранился южный притвор: вход в него обрамлён трёхуровневым порталом с капителями и базами, в тимпане помещён рельефный крест с узким окном над ним видна апсида. Южный притвор освещается узким восточным окном; северный притвор имеет дополнительный вход с запада. Западный фасад кафоликона образует трёхчастный нартекс перед западной стеной храма, который ниже её по высоте. Средняя часть нартекса, как и на фасадах храма, с севера и юга выше боковых и увенчана двускатной кровлей. В нижней части боковые арки-ниши, как считают исследователи, в своё время были открытыми, но в XV в. заложены кирпичом, ныне освещаются узкими окнами. В верхней части нартекса – три арочных окна: маленькое – в центре и более крупные – по бокам. Двухэтажный нартекс в грузинской средневековой архитектуре – редкость; по мнению исследователей, образцом для кафоликона Кинцвиси послужило устройство храма Цроми (VII в.) и кафоликона монастыря Тигва (1152 г.), выстроенного дочерью грузинского царя св. Давида IV Строителя Тамар. Интерьер кафоликона Кинцвиси имеет вид купольного зала, что было обусловлено, по мнению академика Вахтанга Вуколовича Беридзе, перекрытием западных межрукавных пространств по оси «север-юг». Два свободно стоящих подкупольных столба (устои) в центральной части и трёхчастный алтарь типичны для грузинского храмового зодчества второй половины XI в. Со второй половины XII – начала XIII вв. в кафоликоне Кинцвиси (подобно другим купольным церквам) нет развитых хоров. Однако вдоль западной стены церкви приблизительно на половине её высоты был устроен узкий горизонтальный выступ. Дверной проём вёл с него в трёхчастное помещение, расположенное над нартексом. Во время реконструкции XV в. компартименты нартекса были превращены в три самостоятельных помещения с проходом через среднее. Также в интерьере кафоликона сохранились трёхчастная арочная алтарная преграда, выстроенная из кирпича в XVI–XVII вв. и расписанная цветочным орнаментом, и каменный престол предположительно XV–XVI вв. Церковь во имя великомученика Георгия (5,1х4,5 м, высота 5,2 м; XV в.) расположена у западного фасада кафоликона. Это – строение зального типа из тёсаных квадр; в отделке внутренней части дверного проёма и окон использован кирпич. Церковь установлена на двухступенчатом низком цоколе, перекрыта двускатной кровлей, вход расположен с юга.