В документе 1770 г., составленном при дворе царя Картли-Кахети Ираклия II (1762–1798 гг.) для российских резидентов, среди монастырей Картли и Кахети назван также «архимандритский монастырь Кинцивиси Николая Чудотворца, разорнный». Грузинский историк начала XX в. Фёдор Жордания упоминает Кинцвисскую икону святителя Николая, «великолепно писанную на камне». По его сведениям, икона была обновлена в 1751 г. на средства Зазы Панаскертели-Цицишвили и его супруги Туты. Упоминания о Кинцвиси как о действующем монастыре в документах и трудах историков XIX – начала XX вв. отсутствуют. Однако исследователям известно, что в 1849 г. княгиня Тинатин Георгиевна Цицианова (Цицишвили) пожертвовала «в Кинцвиси» икону святителя Николая. Очевидно, имеется в виду церковь во имя святителя Николая, которая в XIX в. была открыта. В 1920 гг. Г. Бочоридзе перенёс в Тифлис отдельные фрагменты этой иконы, сильно повреждённой (местонахождение исследователям неизвестно). На протяжении XX в. Кинцвиси несколько раз реставрировался. В основном, обновляли кровли церквей святителя Николая, Пресвятой Богородицы и великомученика Георгия; также была произведена консервация уцелевшей части церкви Пресвятой Богородицы. В 1964–1966 гг. фрески храма святителя Николая были расчищены и укреплены реставраторами Шалвой Иосифовичем Абрамишвили и К.Н. Бакурадзе. В мае 1997 г. монастырская жизнь в Кинцвиси была восстановлена. Сначала Кинцвиси действовал как женский монастырь, с 2001 г. – как мужской. В 2001 г. Международный центр искусств закончил консервацию и основные реставрационные работы в церкви святителя Николая. В 2003 г. работы по сохранению уцелевших фрагментов стенной росписи были произведены в церкви Пресвятой Богородицы. В конце XX – начале XXI вв. на территории монастыря было построено несколько зданий, в том числе келейный корпус. В 2011 г. была восстановлена звонница. В обители подвизаются 12 монахов. Современные настоятели Кинцвиси: иеродиакон Зураб (Зеинклишвили), архимандрит Исаия (Гогиберидзе), архимандрит Шио (Хардзеишвили; погиб во время автокатастрофы 19 ноября 2006 г.), архимандрит Георгий (Едилашвили), игумен Симеон (Цакашвили), игумен Гедеон (Тибилашвили), иеромонах Андрей (Гвехидзе). Монастырский комплекс включает три церкви и ворота со звонницей над ними (6,3х6,15 м, высота 11 м), расположенные к северу от главного храма Кинцвиси. В центре монастыря находится кафоликон во имя святителя Николая Чудотворца. Это – крестово-купольный храм (19,7х14 м (без поздних притворов), высота 24,3 м) типа вписанного креста. Треугольные в плане ниши восточного фасада, многооконный барабан, паруса обычны для церквей такого типа. В отличие от большинства грузинских церквей XI–XV вв., выстроенных из тёсаного камня, кафоликон Кинцвиси и современный ему кафоликон монастыря Тимотесубани сложены из кирпича, что лишило мастеров возможности использовать разработанную к тому времени систему фасадного декора, основанную на богатом репертуаре резьбы по камню. Выразительность фасаду придают разбивка, точно найденные размеры и пропорции оконных проёмов, скупой декор – аркатура 12-оконного, суживающегося кверху барабана, ниш и портала с входом на западном фасаде.