Храм стал местом массового паломничества, по ходатайству митрополита Адриана здесь был основан казанский Кизический в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы мужской монастырь. Став патриархом, Адриан продолжал заботиться об этой обители. Так, в июле 1693 г. монастырю были переданы частицы мощей Кизических мучеников, подаренные в 1645 г. царю Михаилу Фёдоровичу Кизическим митрополитом Анемподистом (по греческим источникам, Кизической епархией в то время управлял митрополит Анфим). Об этом сообщается в утраченной книге «Спирида, или Кошница» (1691 г.), написанной ктитором Кизического монастыря иеродиаконом Стефаном (Сахаровым). В книгу входили служба Кизическим мученикам, Слово об их мучениях и рассказ об устроении монастыря в Казани. Содержание книги известно исследователям благодаря цитатам, приведённым в исследовании епископа Никанора «Кизический Казанский монастырь». Эта реликвия была утрачена в 1920 гг. В настоящее время в казанском Кизическом монастыре хранится икона с частицей мощей Кизических мучеников, недавно подаренная московской церковью Кизических мучеников. По просьбе патриарха Адриана в 1694 г. Димитрий Ростовский составил службу Кизическим мученикам и написал Слово на день памяти этих святых. В Москве первая деревянная церковь во имя Кизических мучеников была построена в 1697 или 1698 г. недалеко от Новинского вала. Её возвели по обету патриарха Адриана после его исцеления в 1696 г. от паралича, которое он связывал с чудесной помощью Кизических мучеников. В правление императрицы Анны Иоанновны деревянная церковь сгорела, в 1732–1735 гг. рядом было построено современное каменное здание, в 1736 г. был освящён придельный престол во имя архангела Михаила, а в 1738 г. – главный престол во имя Кизических мучеников. В 1929 г. храм был закрыт; его передали городской женской тюрьме, располагавшейся по соседству, а затем – ОГПУ. В 1970 гг. здание храма занимало учреждение «Гипробытпром»; в 1976–1979 гг. была проведена реставрация церкви, на купол был возвращён крест. Передача храма РПЦ состоялась в 1992 г., богослужения в нём возобновились с апреля 1994 г. В 2004 г. из церкви св. Иоанна Предтечи на Пресне была возвращена храмовая икона – образ Кизических мучеников с частицей мощей этих святых. В Москве исследователям известен ещё один храм, посвящённый Кизическим мученикам, – домовая церковь графа Владимира Григорьевича Орлова, которая была построена в связи с эпидемией чумы 1771 г. Кроме того, придел во имя Кизических мучеников есть в церкви Вознесения Господня за Серпуховскими воротами. Каменную церковь начали строить в 1696 г. на средства царевича Алексея Петровича. Исследователи полагают, что посвящение придела связано с особым почитанием Кизических мучеников при патриархе Адриане. В 1696 или 1697 г. был устроен придел во имя Кизических мучеников в новгородском Николо-Дворищенском соборе. Кроме того, частицы мощей Кизических мучеников были вложены в икону этих святых в Успенском соборе Астрахани (из иконостаса нижнего храма в честь Владимирской иконы Божьей Матери). В Вышенском монастыре также находились икона и ковчег с частицами мощей Кизических мучеников.